Eesti HIV-positiivsete patsientide andmekogu biopank
Eesti HIV-positiivsete patsientide andmekogu biopank, Bio- ja siirdemeditsiini instituut.
Ravila 19, Tartu, Eesti
Eesti HIV-positiivsete patsientide andmekogu biopank
Biobank of Estonian HIV-positive patients' database
E-HIV BIO
  • {{item.DisplayName}}
Seotud teadusvaldkonnad (2)
ValdkondAlamvaldkondCERCS erialaFrascati Manual’i eriala
3. Terviseuuringud3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatikaB790 Kliiniline geneetika3.1. Biomeditsiin (anatoomia, tsütoloogia, füsioloogia, geneetika, farmaatsia, farmakoloogia, kliiniline keemia, kliiniline mikrobioloogia, patoloogia)
3. Terviseuuringud3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatikaH361 Neurolingvistika 3.1. Biomeditsiin (anatoomia, tsütoloogia, füsioloogia, geneetika, farmaatsia, farmakoloogia, kliiniline keemia, kliiniline mikrobioloogia, patoloogia)
Seotud publikatsioonid (49)
Publikatsioon
1 2 >
Huik, Kristi; Parm, Ülle; Denks, Kärt; Pauskar, Merit; Lutsar, Irja. (2010). magA, k2A, rmpA and kfu genes are not related to onset neonatal sepsis of Klebsiella pneumoniae in neonatal intensive care units in two major hospitals in Estonia. <i>European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Vienna 2010. .</i>
Huik, Kristi; Avi, Radko; Pauskar, Merit; Kallas, Eveli; Jõgeda, Ene-Ly; Karki, Tõnis; Rüütel, Kristi; Talu, Ave; Abel-Ollo, Katri; Uusküla, Anneli; Carrillo, Andrew; Ahuja, Sunil K; He, Weijing; Lutsar, Irja (2016). A CCL5 Haplotype Is Associated with Low Seropositivity Rate of HCV Infection in People Who Inject Drugs. PloS one, 11 (6), e0156850−e0156850, 10.1371/journal.pone.0156850.
Avi, R; Huik, K; Sadam, M; Karki, T; Krispin, T; Ainsalu, K; Paap, P; Schmidt, J; Nikitina, N; Lutsar, I. (2009). Absence of Genotypic Drug Resistance and Presence of Several Naturally Occurring Polymorphisms of Human Immunodeficiency Virus-1 CRF06_cpx in Treatment-Naive Patients in Estonia. Journal of Medical Virology, 81 (6), 953−958, 10.1002/jmv.21482.
Pauskar, M.; Huik, K.; Avi, R.; Kallas, E.; Jõgeda, E.-L.; Karki, T.; Semjonova, S.; Smidt, J.; Novikova, L.; Ainsalu, K.; Lutsar, I. (2014). Antiretroviral drug resistance and viral tropism in HIV-1 CRF06_cpx infected patients failing antiretroviral (ARV) therapy. <i>7th National Congress HIV/AIDS and the 2nd Central European HIV Forum, Sibiu, Romania, 29-31 May 2014.</i>
Huik, K.; Avi, R.; Uibopuu, H.; Pauskar, M.; Margus, T.; Karki, T.; Krispin, T.; Kool, P.; Rüütel, K.; Talu, A.; Abel-Ollo, K.; Uusküla, A.; Carrillo, AQ.; He, W.; Ahuja, SK.; Lutsar, I. (2014). Association between HIV-1 tropism and CCR5 human haplotype E in a Caucasian population. Jaids-Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes, 66 (3), 239−244, 10.1097/QAI.0000000000000127.
Huik, K; Avi, R; Pauskar, M; Kallas, E; Jõgeda, EL; Karki, T; Marsh, K; Des Jarlais, D; Uusküla, A; Lutsar, I (2013). Association between TLR3 rs3775291 and resistance to HIV among highly exposed Caucasian intravenous drug users. Infection, genetics and evolution, 20, 78−82, 10.1016/j.meegid.2013.08.008.
Jõgeda, E.-L.; Huik, K.; Avi, R; Pauskar, M., Kallas, E.; Karki, T.; Marsh, K.; Des Jarlais, D.; Uusküla, A.; Lutsar, I. (2014). Associations between MX2 polymorphism and the acquisition of HIV and co-infections in Caucasian intravenous drug users (IDUs). <i>European Human Genetics Conference 2014, Milan, Italy, 31 May-3 June 2014.</i>
Huik, K.; Sadam, M.; Karki, T.; Avi, R.; Krispin, T.; Paap, P.; Rüütel, K.; Uusküla, A.; Talu, A.; Abel-Ollo, K.; Lutsar, I. (2010). CCL3L1 copy number is a strong genetic determinant of HIV seropositivity in Caucasian intravenous drug users. The Journal of Infectious Diseases, 730−739.
Sadam, M.; Karki, T.; Huik, K.; Avi, R.; Rüütel, K.; Uusküla, A.; Lutsar, I (2008). CCL3L1 Variable Gene Copy Number Influence on the Susceptibility to HIV-1/AIDS Among Estonian Intravenous Drug User. <i>The 15th Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections (CROI), Boston, 03.02-06.02.2008.</i>
Huik, K; Avi, R; Carrillo, A; Harper, N; Pauskar, M; Sadam, M; Karki, T; Krispin, T; He, W; Lutsar, I (2013). CCR5 Haplotypes Influence HCV Serostatus in Caucasian Intravenous Drug Users. PLoS ONE, 8 (7), e70561, 10.1371/journal.pone.0070561.
Bhaskarran, K.; Hamouda, O.; Sannes, M.; Bonfassa, F.; Johnson, A.M.; Lambert, P.C.; Porter, K.; CASCADE, Collaboration (2008). Changes in the Risk of Death After HIV Seroconversion Compared With Mortality in the General Population. JAMA : the journal of the American Medical Association, 300 (1), 51−59.
Avi, R.; Huik, K.; Sadam, M.; Karki, T.; Krispin, T.; Ainsalu, K.; Paap, P.; Schmidt, J.; Nikitina, N.; Lutsar, I. (2010). Characterization of Integrase Region Polymorphisms in HIV-1 CRF06_cpx Viruses in Treatment Naïve Patients in Estonia. Aids Research and Human Retroviruses, 26 (10), 1109−1113, 10.1089/aid.2010.0097.
Soodla, P.; Rajasaar, H.; Avi, R.; Zilmer, K.; Kink, K.; Novikova, L.; Huik, K.; Maimets, M.; Lutsar, I. (2015). Design and structure of the Estonian HIV Cohort Study (E-HIV). Infectious Diseases, x−x [_isbeingpublished].
Soodla, P.; Rajasaar, H.; Avi, R.; Zilmer, K.; Kink, K.; Novikova, L.; Huik, K.; Maimets, M.; Lutsar, I. (2015). Design and structure of the Estonian HIV Cohort Study (E-HIV). Infectious Diseases, 47 (11), 768−675, 10.3109/23744235.2015.1061203.
Kallas, Eveli; Huik, Kristi; Türk, Silver; Pauskar, Merit; Jõgeda, Ene-Ly; Šunina, Marina; Karki, Tõnis; Des Jarlais, Don; Uusküla, Anneli; Avi, Radko; Lutsar, Irja (2015). Differences in T cell distribution and CCR5 expression in HIV-positive and HIV-exposed seronegative persons who inject drugs. Medical microbiology and immunology, 1−9, 10.1007/s00430-015-0444-8.
Avi, R.; Huik, K.; Karki, T.; Sadam, M.; Krispin, T.; Ainsalu, K.; Paap, P.; Schmidt, J.; Nikitina, N.; Lutsar, I. (2008). Drug Resistance Mutations and Genetic Barrier for Drug Resistance Development in Estonian HIV-1 CRF06_cpx Integrase Sequences. <i>14th International Bioinformatics Workshop on Virus Evolution and Molecular Epidemiology; Cape Town, South Africa; 1-5 September 2008.</i>
Huik, K.; Avi, R.; Sadam, M.; Karki, T.; Albert, J.; Lutsar, I. (2008). Drug Resistance Mutations in HIV-1 CRF06_cpx Viruses Isolated from Treatment Naïve and Experienced Patients. <i>European Journal of Medical Research: 19th European Students’ Conference; Berlin; 28 September - 3 October 2008.</i>
Avi, R; Huik, K; Pauskar, M; Ustina, V; Karki, T; Krispin, T; Ainsalu, K; Paap, P; Schmidt, J; Nikitina, N; Lutsar, I. (2011). Emerging Transmitted Drug Resistance in Treatment Naive Human Immunodeficiency Virus - 1 CRF06_cpx Infected Patients in Estonia. Scandinavian Journal of Infectious Diseases, 43 (2), 122−128.
Avi, R.; Huik, K.; Pauskar, M.; Kallas, E.; Jõgeda, E.-L.; Zilmer, K.; Ustina, V.; Novikova, L.; Karki, T.; Kisand, V.; Lutsar, I. (2014). Full-Length Genome Sequences of Estonian HIV-1 CRF06 and Eastern-European Subtype A1 Recombinant Forms. <i>7th National Congress HIV/AIDS and the 2nd Central European HIV Forum, Sibiu, Romania, 29-31 May 2014.</i>
Denks, K.; Huik, K.; Avi, R.; Sadam, M.; Krispin, T.; Lutsar, I. (2007). GB virus C infection among HIV-positive patients in Estonia. International Journal of Antimicrobial Agents, 29 (3), S155−S155.
Rhee, S.-Y.; Blanco, J.L.; Jordan, M.R.; Taylor, J.; Lemey, P.; Varghese, V.; Hamers, R.L.; Bertagnolio, S.; de Wit, T.F.R.; Aghokeng, A.F.; Albert, J.; Avi, R.; Avila-Rios, S.; Bessong, P.O.; Brooks, J.I.; Boucher, C.A.B.; Brumme, Z.L.; Busch, M.P.; Bussmann, H.; Chaix, M.-L. ... Shafer, R.W. (2015). Geographic and Temporal Trends in the Molecular Epidemiology and Genetic Mechanisms of Transmitted HIV-1 Drug Resistance: An Individual-Patient- and Sequence-Level Meta-Analysis (PLoS Medicine). PLOS Medicine, 12 (4), 1001810, 10.1371/journal.pmed.1001810.
Rosinska, M; Marzec-Bogustawska, A; Janiec, J; Smolen-Dzirba, J; Wasik, T; Gniewosz, J; Zalewska, M; Murphy, G; McKinney, E; Porter, K (2013). High percentage of recent HIV infection among HIV-positive individuals newly diagnosed at voluntary counseling and testing sites in Poland. Aids Research and Human Retroviruses, 29 (5), 805−813, 10.1089/aid.2012.0314.
Kallas, E.; Avi, R.; Huik, K.; Pauskar, M.; Ustina, V.; Karki, T.; Krispin, T.; Ainsalu, K.; Semjonova, S.; Kool, P.; Novikova, L.; Schmidt, J.; Lutsar, I. (2012). HIV Type-1 CRF06_cpx P(T/S)AP Late Domain duplications are outselected among treatment experienced compared to treatment naïve patients. <i></i> Reviews in Antiviral Therapy &amp; Infectious Diseases. ,.
Jõgeda, Ene-Ly; Avi, Radko; Pauskar, Merit; Kallas, Eveli; Karki, Tõnis; Des Jarlais, Don; Uusküla, Anneli; Lutsar, Irja; Huik, Kristi (2016). Human T-lymphotropic virus types 1 and 2 are rare among intravenous drug users in Eastern Europe. Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases, 43, 83−85, 10.1016/j.meegid.2016.05.022.
Touloumi, G; Pantazis, N; Pillay, D; Paraskevis, D; Chaix, ML; Bucher, HC; Kucherer, C; Zangerle, R; Kran, AM; Porter, K (2013). Impact of HIV-1 subtype on CD4 count at HIV seroconversion, rate of decline, and viral load set point in European seroconverter cohorts. Clinical Infectious Diseases, 56 (6), 888−897, 10.1093/cid/cis1000.
Kallas, E.; Huik, K.; Pauskar, M.; Jõgeda, E.-L.; Karki, T.; Des Jarlais, D.; Uusküla, A.; Avi, R.; Lutsar, I. (2015). Influence of interleukin 10 polymorphisms -592 and -1082 to the HIV, HBV and HCV serostatus among intravenous drug users. Infection, genetics and evolution, 30, 175−180, 10.1016/j.meegid.2014.12.023.
Kallas, E.; Avi, R.; Huik, K.; Türk, S.; Pauskar, M.; Jõgeda, E.-.L.; Šunina, M.; Des Jarlais, D.; Uusküla, A.; Lutsar, I. (2014). Injection drug use influences T-cell distribution and CCR5 expression in HIV+ and ESN population. <i>24th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases; Barcelona; 10-13 May 2014 .</i>
Avi, R.; Huik, K.; Sadam, M.; Karki, T.; Krispin, T.; Paap, P.; Ainsalu, K.; Schmidt, J.; Nikitina, N.; Lutsar, I. (2008). Natural polymorphisms associated with integrase inhibitor drug resistance in Estonian HIV-1 CRF06_cpx strains. <i>18th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases; Barcelona; 19.04-22.04.2008.</i>
Kallas, E.; Huik, K.; Avi, R; Pauskar, M.; Jõgeda, E.-L.; Karki, T.; Marsh, K.; Des Jarlais, D.; Uusküla, A.; Lutsar, I. (2014). NLRP3 genotype CG increases the risk of HIV-1 in Caucasian intravenous drug users (IDUs). <i>European Human Genetics Conference 2014, Milan, Italy, 31 May-3 June 2014.</i>
Huik, K.; Avi, R.; Sadam, M.; Karki, T.; Denks, K.; Krispin, T.; Ustina, V.; Rüütel, K.; Uusküla, A.; Murphy, G.; Lutsar, I. (2009). Performance of the BED-CEIA in population infected with HIV1 recombinant viruses CRF06cpx and CRF06A. <i>Clinical Microbiology and Infection: 19th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases Helsinki, Finland, 16 - 19 May 2009.</i>
Wolbers, M; Babiker, A; Sabin, C; Young, J; Dorrucci, M; Chene, G; Mussini, C; Porter, K; Bucher, HC (2010). Pretreatment CD4 cell slope and progression to AIDS or death in HIV-infected patients initiating antiretroviral therapy--the CASCADE collaboration: a collaboration of 23 cohort studies. PLOS Medicine, 7 (2), e1000239, 10.1371/journal.pmed.1000239.
Avi, R.; Pauskar, M.; Karki, T.; Kallas, E.; Jõgeda, EL.; Margus, T.; Huik, K.; Lutsar, I. (2016). Prevalence of drug resistance mutations in HAART patients infected with HIV-1 CRF06_cpx in Estonia. Journal of Medical Virology, 88 (3), 448−454, 10.1002/jmv.24361.
Avi, Radko; Pauskar, Merit; Karki, Tõnis; Kallas, Eveli; Jõgeda, Ene-Ly; Margus, Tõnu; Huik, Kristi; Lutsar, Irja (2016). Prevalence of drug resistance mutations in HAART patients infected with HIV-1 CRF06_cpx in Estonia. Journal of Medical Virology, 88 (3), 448−454, 10.1002/jmv.24361.
Huang, X.; Lodi, S.; Fox, Z.; Li, W.; Phillips, A.; Porter, K.; Lutsar, I.; Kelleher, A.; Li, N.; Xu, X.; Wu, H.; Johnson, AM. (2012). Rate of CD4 decline and HIV-RNA change following HIV Seroconversion in men who have sex with men: a comparison between the Beijing PRIMO and CASCADE cohorts. Jaids-Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes, 62 (4), 441−446, 10.1097/QAI.0b013e31827f5c9a.
Avi, Radko; Huik, Kristi; Pauskar, Merit; Kallas, Eveli; Jõgeda, Ene-Ly; Karki, Tõnis; Šmidt, Jelena; Novikova, Lilia; Semjonova, Svetlana; Lutsar, Irja. (2013). Substitutions in RNaseH and Connection domain of HIV-1 CRF06_cpx viruses in treatment naive and treatment experienced populations. <i>11th European Meeting on HIV &amp; Hepatitis- Treatment Strategies &amp; Antiviral Drug Resistance; Rome; 20-22 March 2013.</i> 35−35.
Lodi, S; Fisher, M; Phillips, A; De Luca, A; Ghosn, J; Malyuta, R; Zangerle, R; Moreno, S; Vanhems, P; Boufassa, F; Guiguet, M; Porter, K (2013). Symptomatic illness and low CD4 cell count at HIV seroconversion as markers of severe primary HIV infection. PLoS ONE, 8 (11), e78642, 10.1371/journal.pone.0078642.
Kallas, Eveli; Huik, Kristi; Türk, Silver; Pauskar, Merit; Jõgeda, Ene-Ly; Šunina, Marina; Karki, Tõnis; Des Jarlais, Don; Uusküla, Anneli; Avi, Radko; Lutsar, Irja (2016). T Cell Distribution in Relation to HIV/HBV/HCV Coinfections and Intravenous Drug Use. Viral immunology, 0−0.
Avi, R.; Huik, K.; Karki, T.; Sadam, M.; Paap, P.; Smidt, J.; Ainsalu, K.; Krispin, T.; Lutsar, I (2007). The coexistence of secondary PR mutations M36I, K20I and L63H predominates in CRF06_cpx and its next generation recombinant virusese circulating in Estonian treatment naive patients. <i>INTERNATIONAL JOURNAL OF ANTIMICROBIAL AGENTS, 29.</i> S549−S549.
Kallas, E.; Avi, R.; Huik, K.; Türk, S.; Pauskar, M.; Jõgeda, E.-.L.; Šunina, M.; Des Jarlais, D.; Uusküla, A.; Lutsar, I. (2015). The distribution of TEMRA cells is influenced by HIV, HBV, HCV infections and intravenous drug use. <i>25th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases; Copenhagen, Denmark, 25.-28. April 2015 .</i>
van der Helm, JJ; Prins, M; del Amo, J; Bucher, HC; Chene, G; Dorrucci, M; Gill, J; Hamouda, O; Sannes, M; Porter, K; Geskus, RB (2011). The hepatitis C epidemic among HIV-positive MSM: incidence estimates from 1990 to 2007. AIDS, 25 (8), 1083−1091, 10.1097/QAD.0b013e3283471cce.
Kallas, Eveli; Huik, Kristi; Av1, Radko; Pauskar, Merit; Jõgeda, Ene-Ly; Karki, Tõnis; Marsh, Kristina; Des Jarlais, Don; Uusküla, Anneli; Lutsar, Irja (2013). The IL-10 promoter genotype AA at -592 is correlated with increased susceptibility to hepatitis B but not HIV infection in Caucasian intravenous drug users. <i>European Human Genetics Conference 2013, Paris, France, 8.06.13-11.06.13.</i>
Avi, R.; Huik, K.; Pauskar, M.; Kallas, E.; Karki, T.; Krispin, T.; Ainsalu, K.; Semjonova, S.; Kool, P.; Novikova, L.; Schmidt, J.; Lutsar, I. (2012). The pattern of drug resistance mutations in HIV-1 CRF06_cpx viruses failing the first-line NNRTI+2NRTI antiretroviral therapy. <i>10th European Meeting on HIV &amp; Hepatitis - Treatment Strategies &amp; Antiviral Drug Resistance, 28 - 30 March 2012 Barcelona Spain.</i>
Avi, R.; Huik, K.; Pauskar, M., Lutsar, I.; Vandamme, A.; Abecasis, A. (2012). The population dynamics of the HIV-1 epidemic in Estonia through virus genetic analysis and national case recording. <i>17th International BioInformatics Workshop on Virus Evolution and Molecular Epidemiology, 27-31 August 2012 Belgrade Serbia.</i>
Jõgeda, Ene-Ly; Huik, Kristi; Pauskar, Merit; Kallas, Eveli; Krispin, Tõnu; Karki, Tõnis; Marsh, Kristina; Des Jarlais, Don; Uusküla, Anneli; Avi, Radko; Lutsar, Irja. (2013). The prevalence of GBV-C and its associations with HIV infection among Estonian intravenous drug users. <i>Reviews in Antiviral Therapy Infectious Diseases: 11th European Meeting on HIV &amp; Hepatitis- Treatment Strategies &amp; Antiviral Drug Resistance; Rome; 20-22 March 2013.</i> 46−47.
Pauskar, M.; Avi, R.; Huik, K.; Ustina, V.; Jõgeda, E.; Kallas, E.; Karki, T.; Krispin, T.; Lutsar, I. (2012). Transmitted drug resistance is 4.5% in newly diagnosed mainly HIV-1 CRF06_cpx infected patients in Estonia in 2010. <i>10th European Meeting on HIV &amp; Hepatitis - Treatment Strategies &amp; Antiviral Drug Resistance, 28 - 30 March 2012 Barcelona Spain.</i>
Avi, R; Huik, K; Pauskar, M; Ustina, V; Karki, T; Kallas, E; Jõgeda, EL; Krispin, T; Lutsar, I (2014). Transmitted drug resistance is still low in newly diagnosed human immunodeficiency virus type 1 CRF06_cpx-infected patients in Estonia in 2010. Aids Research and Human Retroviruses, 30 (3), 278−283, 10.1089/aid.2012.0357.
Simmons, R.; Lutsar, I.; Malyuta, R.; Rosińska, M.; Porter, K. (2014). Using incidence assays within the context of the recent infections testing algorithm. AIDS, 28 (14), 2167−2167, 10.1097/QAD.0000000000000367.
Uibopuu, H.; Huik, K.; Avi, R.; Pauskar, M.; Kallas, E.; Karki, T.; Krispin, T.; Kool, P.; Schmidt, J.; Rüütel, K.; Talu, A.; Abel-Ollo, K.; Uusküla, A.; Lutsar, I. (2012). Viral tropism of HIV-1 CRF06_cpx and its association with CCR5 haplotypes. <i>10th European Meeting on HIV &amp; Hepatitis - Treatment Strategies &amp; Antiviral Drug Resistance, 28 - 30 March 2012 Barcelona Spain.</i>
Lutsar, Irja (2011). Writing Committee for the CASCADE Collaboration. Timing of HAART initiation and clinical outcomes in human immunodeficiency virus type 1 seroconverters. Archives of Internal Medicine, 171 (17), 1560−1569, 10.1001/archinternmed.2011.401.
Vaatamata kõikidele jõupingutustele on inimese immuunpuudulikkuse viiruse (HIV) poolt põhjustatud haigus endiselt oluline meditsiiniline probleem kogu maailmas just tänu immuunsüsteemi olulisele kahjustamisele. Tänaseks on temast saanud krooniline haigus, mille vastu puudub nii viirust täielikult hävitav ravi kui vaktsiin. Vaatamata ravile ei ole viirusest vabanemine võimalik ja suureks probleemiks on ravimresistentsuse teke ning ebapiisav immuunsüsteemi taastumine. Seega on siiani lahendamata küsimused, mis aitaksid välja töötada ravimeid viirusest täielikuks vabanemiseks või vaktsiini infektsiooni vältimiseks. 2005. aastal alustas TÜ mikrobioloogia instituudi (praegune TÜ bio-ja siirdemeditsiini instituudi mikrobioloogia osakond) juures tööd HIV uurimisrühm (prof Irja Lutsari juhtimisel). Sellest ajast alustati ka HIV infektsiooniga seotud bioproovide oportunistlikku kogumist erinevate teadusprojektide raames ja nende säilitamist edasiste uuringute tarvis. 2009. aastal asutas Eesti Infektsioonhaiguste Selts koostöös TÜ mikrobioloogia osakonnaga Eesti HIV-positiivsete patsientide andmekogu (E-HIV; www.hiv.ut.ee). E-HIVi sisestatakse andmed HIV-positiivsete täiskasvanud patsientide kohta informeeritud nõusoleku alusel. Haigetelt kogutakse demograafilisi ja HIV-infektsiooniga seotud kliinilisi andmeid nagu kirjeldatud Soodla ja kaasautorite (2015 Infect Dis) poolt. Andmekogu oluline ülesanne on ka bioproovide kogumine, korrastamine ja säilitamine nii teadustöö kui ka kliinilistel eesmärkidel. Bioproove (täisveri) koguvad kõik Eesti HIV-positiivsete patsientidega tegelevad asutused (haiglad ja vanglad) igalt haigelt vähemalt üks kord aastas. Täisverest eraldatakse vereplasma ja perifeerse vere mononukleaarsed rakud (ing. k. peripheral mononuclear cells, PBMC) ja säilitatakse TÜ mikrobioloogia osakonnas. 1.09.2016 seisuga on E-HIV-s 4667 patsienti (u 80% Eestis nakkushaigustearsti külastavatest HIV-positiivsetest) ja bioproov kogutud 1653 haigelt kokku 3005 korral. Seega olemasoleva teaduskollektsiooni (E-HIV BIO) raames kogutakse ja säilitatakse E-HIV-s osalevate isikute biomaterjali, mida on võimalik linkida kliiniliste andmetega. Neid bioproove kasutades on võimalik (i) kirjeldada inimese ja viiruse vahelisi interaktsioone ning hinnata nende mõju HIV-i ravi tulemuslikkusele; (ii) leida nii viiruse- kui inimesepoolseid faktoreid, mis mõjutavad HIV ravimresistentsuse teket; (iii) leida inimesepoolseid faktoreid (geneetilisi, immunoloogilisi), mis mõjutavad HIV-i nakatumist ja haiguse kulgu; (iv) leida markereid profülaktikameetmete (k.a. vaktsiini) välja töötamiseks, ja (v) rakendada kliinilises praktikas (nt patsiendi haiguskulu jälgimine elektroonsel graafilisel ravikaardil (E-kaart), eelnevate proovide uuesti analüüsimine jne). Sellise biopanga olemasolu on vajalik järgnevatel põhjustel: 1. Eestis ei ole teist sellist biopanka, kuhu oleks kogutud või võimalik koguda hästi kirjeldatud (nii demograafiliste näitajatega kui ka labori analüüsidega) kogu rahvastikupõhist HIV-positiivsete isikute bioproove. Sarnaseid HIV-biopanku on ka maailmas vähe ja enamik neist on spetsiifilised (nt koguvad teatud riskirühma kuuluvaid isikuid) ega hõlma nii suurt osa arsti juures käivatest HIV-positiivsetest (E-HIV hõlmab 80%), mistõttu E-HIV annab väga olulise panuse HIV-infektsiooni probleemide lahendamisse nii Eestis kui maailmas. Andmete pikaajaline kogumine ja säilitamine on eriti oluline just seetõttu, et HI-viirused on mutatsioonivõimelised ja seega ajas muutuvad. Meie arusaamise alusel on E-HIV BIO ainulaadne Eestis. Tartu Ülikoolis asuv Meditsiiniteaduste valdkonna Inimese Mikrobioota ja Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede teaduskollektsioonid kollektsioneerivad bakteritüvesid mitte aga inimese biomaterjali (sh viiruseid). TÜ Eesti geenivaramu kogub küll inimese materjali, kuid verd võetakse ühekordselt ja meile teadolevalt ei hõlma see enamust Eesti HIV-positiivsetest isikutest. Lisaks ei kogu TÜ Eesti geenivaramu laboratoorseid andmeid sellises ulatuses nagu teeb seda E-HIV (dünaamiline verenäitajate kogumine haiglate laboritest). 2. E-HIV BIO-s toimub järjepidev bioproovide kogumine. HIV-positiivsete vered kogutakse vähemalt üks kord (ideaalis 2 korda) aastas. Korduv kogumine on vajalik jälgimaks viiruse muutumist (nt ravimresistentsusmutatsioonide jm mutatsioonide teke) ja patsiendi reageerimist ravile. 3. Patsiendi tervise seisukohast võib hiljem tekkida vajadus varasemalt kogutud proove analüüsida (HIV iseärasused, uued diagnostilised markerid ja algoritmid jne). 4. Kuna tegemist on hästi kirjeldatud isikute bioproovidega ja meil levib mujal Lääne maailmas haruldane HI-viiruse tüvi CRF06_cpx, siis on kogutud biomaterjal nii Eesti kui rahvusvahelise teaduse seisukohalt unikaalse väärtusega. E-HIV BIOs on kaks moodulit (tarkvara Qure Data Management Platvormi baasil). Esiteks, biopanga moodul on elektrooniline biopank, kus hallatakse jooksvalt informatsiooni biomaterjali kohta, alustades andmekogusse jõudvast verest lõpetades pikaajaliselt hoiustatud vere komponentideni (vereplasma, PBMC jt). Selle abil toimub materjali sisestamine ja automaatne unikaalsete säilituskoodide andmine kogutud proovidele, mis määrab bioproovi tüübi (vereplasma ja PBMC) ja asukoha hoidlas. Selle tegevusega liidetakse andmekogus igale patsiendile vastavad bioproovid ning tagatakse korrektne kataloogimine ja edasine väljastus. Teiseks, universaalne väljastusmoodul, mis abistab kasutajaid väljastamise töövoos (arhiveerib elektrooniliselt kõik ühe taotlusega seotud dokumendid: taotlus, taotluse otsus, väljastatavad andmed), genereerib ja registreerib biomaterjaliga läbi viidud toimingud (nt bioproovide ümberkodeeringud, väljastuseks vajalikud labori protokollid, proovide asukohad hoidlas ja vastav asetus väljastamiseks jne). Lisaks uuendab bioproovide väljastusmoodul automaatselt laoseisu – arvutab allesjääva biomaterjali koguse ja salvestab konkreetse säiliku (tuubi) ülessulatamiste arvu. Kolmandaks, resistentsusmoodul, mille abil sisestatakse E-HIV-i HIV geeni järjestused, mille järel moodul võtab ühendust HIV ravimresistentsuse andmebaasiga ning väljastab ja salvestab ravimresistentsusmutatsioonid ja vastava interpretatsiooni (resistenstsuse HIV ravimite suhtes). Raviarst, sisenedes E-HIV-i, näeb seda informatsiooni patsiendi raviandmete juures ning see kajastub ka graafilisel ravikaardil. Seega moodul on kasutuses raviarsti igapäeva tööd ja lisaks võimaldab kvaliteetselt säilitada bioproovidest saadud informatsiooni.
Despite efforts human immune deficiency virus (HIV) is still the major medical problem in the world and mainly because of the damaging effect of HIV on immune system. Today, HIV is a chronic disease lacking of virus eliminating treatment and vaccine. Despite of HIV treatment the viral clearance is impossible and the major problem is development of drug resistance and inefficient immune recovery. Thus, there are still unsolved issues that could help develop agents for virus elimination or vaccine against the infection. In 2005 the HIV-research group (lead by prof Irja Lutsar) in Department of Microbiology (now Department of Microbiology in Institute of Biomedicine and Translational Medicine), University of Tartu was established. Since that time the group has collected HIV related biosamples for different research projects and stored it for future studies. In 2009, the Estonian Society of Infection Diseases in collaboration with Department of Microbiology established Estonian HIV-positive persons’ database (E-HIV; hiv.ut.ee). The data of adult HIV-positive patients is entered to E-HIV based on written informed consent. E-HIV is collecting demographic and HIV-related clinical data as described by Soodla et al (2015 Infect Dis). In addition, the essential task of E-HIV is also the collection, arrangement and the storage of biosamples for future research and clinical purpose. Biosamples (whole blood) are collected at least once a year in all Estonian institutions that are serving HIV-positive patients (hospitals and prisons). Blood plasma and peripheral mononuclear cells are extracted from whole blood and stored in Department of Microbiology, University of Tartu. As of 1st of September 2016 4667 patients were listed on E-HIV (approximately 80% of HIV positives who are visiting infection disease physician in Estonia) and samples from 1653 patients were collected on 3005 occasions. Therefore, existing scientific collection (E-HIV BIO) collects and stores biomaterial linked with clinical data of patients participating in E-HIV. These biosamples can be used to (i) describe interactions between HIV and the host and evaluate their influence on the outcome of antiretroviral therapy; (ii) determine viral and host factors that influence the development of HIV drug resistance; (iii) determine host factors (genetic, immunologic) that influence the susceptibility to HIV and disease progression; (iv) determine markers for developing prophylaxis (incl. vaccine), and (v) implement into clinical practice (for example observe patients disease on patient’s electronical graphical chart (E-chart), reanalysing previous samples) etc. The existence of such HIV biobank is essential for following reasons: 1. In Estonia there is no such biopank which has collected or would be able to collect well described (demographical data as well as laboratory analyses) population based HIV positive persons’ biosamples. There is also limited number of such HIV biobanks in the world and the majority of them are specific (e.g. collecting subjects with specific risk behaviour) and do not consist of so large part HIV-positives who visit infectious disease physicians (E-HIV consists 80% of HIV-positives in Estonia) which gives significant contribution to solving HIV related issues in Estonia as well as in the world. The prolonged collection and storing of data and biosamples is especially important because of HIV ability to mutate and thus change in time. To our best knowledge E-HIV BIO is unique in Estonia. Human Microbiota’s and non-medical laboratory and environmental bacterial strain’s scientific collection EEMB that is situated in University of Tartu collects bacterial strains but not viral or human biomaterial. University of Tartu Estonian Genome Center collects human material but the blood is collected once and as known to us does not cover majority of HIV-positive persons. In addition, Estonian Genome Center does not collect laboratory data as E-HIV (dynamic collection of blood analyses from hospitals laboratories). 2. E-HIV BIO is collecting biosamples continuously. Blood samples from HIV-positive persons are collected at least once (preferably twice) a year. Such repeated collection is essential for determining viral changes (e.g. development of drug resistance and other mutations) and evaluating the treatment. 3. There might be need to reanalyse previously collected samples in order to ensure the best treatment for patients (new HIV mutations, diagnostic markers and algorithms etc.). 4. As E-HIV BIO samples are well described and Estonian HIV epidemic is caused by rare HIV strain CRF06_cpx then collected biomaterial is unique in the context of Estonian as well as international research. There are two modules (based on software Qure Data Management platform) in E-HIV BIO. First, biobank module which is an electronical biobank where information of biomaterial is administered starting with blood sent to biobank and ending with long-term stored blood components (blood plasma and peripheral blood mononuclear cells etc.). Material entry to E-HIV BIO and unique coding (referring type of biomaterial and position in collection) is done by using biobank module. This enables to link biosample to corresponding person and provide correct storing and future of data and biosamples extraction. Second, universal biosamples extraction module which helps users with actions related to dissension (archived all documents related to one application: application, decision, data extraction ), generates and registries all operations with biomaterial (e.g. recoding the samples, biomaterial extraction related laboratory protocols, positions of biosamples and corresponding position in the collection). In addition, biosample extraction module automatically does inventory update – calculates the remaining volume of samples and saves the melting times of specific tubes.
Alamkogud (5)
NimiNimi inglise keeles
Inimese DNAHuman DNA
Inimese perifeerse vere mononukleaarsed rakudHuman peripheral blood mononuclear cells
Inimese vereplasma Human blood plasma
Viiruse DNAViral DNA
Viiruse RNAViral RNA
Säilikud (1)
TüüpHulkÜhikLisainfoLisainfo inglise keeles
külmutusviaal37533tkKogutavaks materjaliks on inimese täisveri, millest eraldatakse vereplasma ja perifeerse vere mononukleaarsed rakud. Vereplasma säilitatakse -80 oC külmikus ja perifeerse vere mononukleaarsed rakud -80 oC külmikus ja vedelas lämmastikus. Materjali väljastatakse ka eraldatud genoomse DNA ja viiruse RNA/DNA-na. Lisaks, eraldatakse perifeerse vere mononukleaarsetest rakkudest genoomne DNA ja vereplasmast viiruse RNA/DNA, mida säilitatakse alikvootidena -80 oC külmikus (kokku 1143 tk).E-HIV BIO stores blood plasma and peripheral blood mononuclear cells extraced from whole blood. Blood plasma is stored in -80 oC freezer and peripheral blood mononuclear cells in -80 oC freezer as well as in liquid nitrogen. In addition, genomic DNA and viral RNA/DNA is extracted from peripheral blood mononuclear cells and stored as aliquots in -80 oC freezer (in total 1143 tubes).
2005. aastal alustas TÜ mikrobioloogia instituudi (praegune TÜ bio-ja siirdemeditsiini instituudi mikrobioloogia osakond) juures tööd HIV uurimisrühm (prof Irja Lutsari juhtimisel). Sellest ajast alustati ka HIV infektsiooniga seotud bioproovide oportunistlikku kogumist erinevate teadusprojektide raames ja nende säilitamist edasiste uuringute tarvis. 2009. aastal asutas Eesti Infektsioonhaiguste Selts koostöös TÜ mikrobioloogia osakonnaga Eesti HIV-positiivsete patsientide andmekogu (E-HIV; www.hiv.ut.ee). E-HIVi sisestatakse andmed HIV-positiivsete täiskasvanud patsientide kohta informeeritud nõusoleku alusel. Haigetelt kogutakse demograafilisi ja HIV-infektsiooniga seotud kliinilisi andmeid nagu kirjeldatud Soodla ja kaasautorite (2015 Infect Dis) poolt. Andmekogu oluline ülesanne on ka bioproovide kogumine, korrastamine ja säilitamine nii teadustöö kui ka kliinilistel eesmärkidel. Bioproove (täisveri) koguvad kõik Eesti HIV-positiivsete patsientidega tegelevad asutused (haiglad ja vanglad) igalt haigelt vähemalt üks kord aastas. Täisverest eraldatakse vereplasma ja perifeerse vere mononukleaarsed rakud (ing. k. peripheral mononuclear cells, PBMC) ja säilitatakse TÜ mikrobioloogia osakonnas.
Teaduskollektsiooni kasutajad (4)
Kasutaja tüüp%
erialaspetsialistid10
kraadiõppurid40
teadustöötajad40
välisteadlased10
Teaduskollektsiooni kasutamiseks esitab asjast huvitatud isik taotluse E-HIV nõukogule koos töö eesmärkide ja lühikirjeldusega. Nõukogul on õigus küsida lisaküsimusi enne kui ta loa väljastab. Siiani on teaduskollektsiooni kasutatud valdavalt erinevates teadusprojektides. Kasutades E-HIV BIO materjali on siiani publitseeritud 24 artiklit eelretsenseeritavates rahvusvahelistes ajakirjades, kaitstud kaks doktoritööd (Kristi Huik ja Radko Avi), kuus magistritööd (Radko Avi, Kristi Huik, Maarja Sadam, Helen Uibopuu, Merit Pauskar, Ene-Ly Jõgeda). Praegu kasutavad E-HIV BIO andmebaasi oma doktoritöös 5 doktoranti (Eveli Kallas, Ene-Ly Jõgeda, Pilleriin Soodla, Kerstin Kase, Kaja-Triin Laisaar). Kollektsioon on täienenud erinevate asutuste koostöös, milleks on Eestis TÜ Arstiteaduskonna tervishoiuinstituut ja Tervise Arengu Instituut, Ameerika Ühendriikides Beth Isreal Medical Centre ja Texase Ülikool ning Euroopas EuroCoord. E-HIV biopank täieneb koostöös kõigi Eesti asutustega (haiglad ja vanglad), kus tegeletakse HIV-positiivsete patsientidega.
Person/institution who is interested in using E-HIV BIO will submit an application (overview of theme and aims) to E-HIV board. The board may ask specific questions before giving a permit and the extraction of samples and data. So far E-HIV BIO has mainly been used in variable research projects. Based on E-HIV BIO 24 articles have been published in international peer-reviewed journals, and two doctoral theses (Kristi Huik and Radko Avi) and six master theses have been defended (Radko Avi, Kristi Huik, Maarja Sadam, Helen Uibopuu, Merit Pauskar, Ene-Ly Jõgeda). At the moment five PhD students (Eveli Kallas, Ene-Ly Jõgeda, Pilleriin Soodla, Kerstin Kase, Kaja-Triin Laisaar) are using E-HIV BIO for their doctoral theses. Collection has upgraded in collaboration with various institutions - from Estonia University of Tartu, Medicine Faculty, Department of Public Health and National Institute for Health Development, from United States of America Beth Isreal Medical Centre and Texas University and from Europe EuroCoord. In addition, E-HIV is updated in collaboration with all Estonian institutions (hospitals and prisons) which serve/manage HIV-positive patients.
Toodud lisatud failis
Fail attached
Andmete (s.h. bioproovide) kasutajateks on teised teadlased/teadusasutused nii Eestis kui välismaal, Eesti Sotsiaalministeerium, ravimitööstus ja raviarstid. E-HIV-i põhikirja, reeglite, kogutavate andmete ja tulemustega saab tutvuda kodulehel (www.hiv.ut.ee). Andmete kasutamiseks tuleb esitada taotlus (vt fail) E-HIV nõukogule (heli.rajasaar@ut.ee), mis menetleb taotlust, suhtleb taotlejaga ja langetab taotluse kohta. E-HIV on siiani rahastatud erinevatest Eesti-sisestest kui ka -välistest teadusprojektidest. Eesti Infektsioonhaiguste Seltsi liikmetele ja teaduritele, kes on otseselt seotud andmete kogumisega, on andmete väljastus tasuta ja teistele asutustele/ettevõtetele tasuline, vastavalt töö hulgale. E-HIV andmekogu määrab väljastuse hinna arvestades igat konkreetset taotlust, võttes aluseks küsitud andmete käitlemist ja väljastusformaati. Biomaterjalid ei ole tasulised. E-HIV andmete ja bioproovide pealt publitseeritud artiklitel on kaasautoriteks vähemalt kaks E-HIV nõukogu poolt nimetatud teadlast, kes on antud projektiga seotud.
The users of E-HIV data (incl. biosamples) are researchers/research institutions in Estonia as well as abroad, Estonian Ministry of Social Affairs, pharmaceutical companies and HIV treating physicians. E-HIV statute, the information about collected data, rules for application and results are presented on webpage (www.hiv.ut.ee). The application for data use (see in fail) needs to be submitted to E-HIV board (heli.rajasaar@ut.ee) which process the application, is in contact with applicant and make a decision. So far, E-HIV has been financed by different Estonian and foreign research projects. Data dispensing is free of charge for the members of Estonian Society of Infectious Diseases and persons directly related with collection of the data. Other institutions/companies will be charged according to work load. The price of the data will be determined by E-HIV board considering every application separately and based on the amount of required data, handling process and the format of data extraction. Biosamples are free of charge. Publications based on E-HIV and E-HIV BIO will be required to have at least two researchers designated by E-HIV board as co-authors of the paper/publication.
Teaduskollektsioon on tihedalt seotud HI-viiruse ravimresistentsuse testimisega, mida teostab TÜ bio- ja siirdemeditsiini instituudi mikrobioloogia osakond. Vastavalt ravivajadusele testitakse E-HIV bioproove ja kõik saadud informatsioon säilitatakse E-HIV andmekogus. E-HIV platvormile on loodud resistentsuse moodul, mille abil geeni järjestused sisestatakse (TÜ mikrobioloogia HIV-labori töötajate poolt), mille järel moodul võtab ühendust HIV ravimresistentsuse andmebaasiga ning väljastab ning salvestab ravimresistentsusmutatsioonid ja vastava interpretatsiooni (resistentsuse HIV ravimite suhtes). Raviarst, sisenedes E-HIV-i, näeb seda informatsiooni patsiendi raviandmete juures ning see kajastub ka graafilisel ravikaardil.
Scientific collection is related to HIV drug resistance testing carried out in Department of Microbiology in Institute of Biomedicine and Translational Medicine, University of Tartu. E-HIV biosamples are tested for HIV drug resistance as appropriate and all gathered information is stored in E-HIV. For E-HIV platform, resistance module was developed. With this module gene sequences are entered, then connected to HIV drug resistance database and resistance mutations and interpretation (resistance to HIV drugs) are extracted and stored. When physician enters to E-HIV he/she will see resistance information among patient’s treatment data and it will be carried on patient’s graphical treatment chart.