FirstName_36908 LastName_36908

11.07.1965
737 5001

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
01.01.2016–...    Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, bioinformaatika professor (1,00)
01.02.2013–31.12.2015    Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, bioinformaatika professor (1,00)
01.02.2008–31.01.2013    Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, bioinformaatika professor (1,00)
01.01.2008–31.01.2008    Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, õppetooli juhataja
01.01.2008–31.01.2008    Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, bioinformaatika professor (1,00)
01.02.2003–31.12.2007    Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, bioinformaatika professor (1,00)
2001–2004    Eesti Biokeskus, Vanemteadur (0,20)
01.01.1999–31.12.2000    järeldoktorantuur, Karolinska Institute, Center for Genomics and Bioinformatics Research
01.01.1997–31.12.1998    järeldoktorantuur, Uppsala University, Department of Molecular Biology
1990–1992    Eesti Biokeskus, Teadur (1,00)
 
 
Haridustee
1992–1997    doktorant, Tartu Ülikool
1983–1990    Tartu Ülikool, bioloogia-geograafia teaduskond, biokeemia eriala.
 
 
Teadusorganisatsiooniline ja -administratiivne tegevus
2015−...    ETAG ekspertkomisjoni liige
2008−...    Rahvusvahelise Arvutusliku Bioloogia Ühingu liige
2007−...    TÜ LOTE Geenitehnoloogia ja Bioloogia õppekavade programmikomitee liige
2003−...    Molekulaar- ja Rakubioloogia instituudi nõukogu liige
2008−2015    Genoomika tippkeskuse juht
2008−2009    TKN liige
2005−2005    Seitsmenda iga-aastase Põhjamaade Bioinformaatika konverentsi Bioinformatics2005 peakorraldaja (23 esinejat ja ca 200 osalejat, peamiselt välisriikidest).
2004−2007    Bioloogia-Geograafia Teaduskonna nõukogu liige
2004−2005    24 töökohaga Linux-põhise arvutiklassi loomine ja ühendamine Eesti GRIDiga
2004−2011    Eesti HTM juures asuva Teaduskompetentsi nõukogu ekspertliige.
2004−2012    Eesti esindaja Põhjamaade Bioinformaatika ühingu juhatuses.
2004−2007    TÜ Bioloogia- Geograafia teaduskonna nõukogu liige
 
 
Loometöö
Õpik kõrgkoolidele "Bioinformaatika alused" (2015). http://www.tyk.ee/loodusteadused/00000011691;

Kvalifikatsioon

 
 
Teaduspreemiad ja tunnustused
2008, FirstName_36908 LastName_36908, Riigi teaduspreemia uurimuste tsükli “Inimgenoomi bioinformaatiline analüüs” eest
2001, FirstName_36908 LastName_36908, EC DG Research projekti Genemill repatrieerumise grant
 
 
Teadustöö põhisuunad
VALDKOND: 1. Bio- ja keskkonnateadused; 1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringud; CERCS ERIALA: B110 Bioinformaatika, meditsiiniinformaatika, biomatemaatika, biomeetrika
VALDKOND: 3. Terviseuuringud; 3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatika; CERCS ERIALA: B110 Bioinformaatika, meditsiiniinformaatika, biomatemaatika, biomeetrika

Juhendatud väitekirjad

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
3.1.
2015
3.1.
2015
3.1.
2015
5.2.
2015
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
3.1.
2013
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
5.1.
2008
5.1.
2008
5.1.
2008
5.2.
2008
1.1.
2007
1.1.
2007
1.1.
2007
1.1.
2007
1.1.
2007
1.1.
2007
3.1.
2007
3.1.
2007
1.1.
2006
1.1.
2006
1.1.
2006
1.1.
2006
3.2.
2006
1.1.
2005
1.1.
2005
1.1.
2005
1.1.
2005
5.2.
2005
3.1.
2004
5.2.
2003
1.1.
2002
1.1.
2002
5.1.
2002
5.1.
2002
5.1.
2002
5.2.
2002
1.1.
2001
5.1.
2001
1.1.
2000
1.1.
1999
1.1.
1995
1.1.
1992
1.1.
1992

FirstName_36908 LastName_36908

11.07.1965
737 5001

Career

Institution and position
01.01.2016–...    University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Molecular and Cell Biology, Professor of Bioinformatics (1,00)
01.02.2003–...    Tartu Ülikool, Professor (1,00)
01.10.2008–31.12.2015    Estonian Biocentre, Extraordinary Senior Researcher (0,20)
01.09.2007–30.09.2008    Estonian Biocentre, Extraordinary Senior Researcher (0,50)
03.01.2005–31.08.2007    Estonian Biocentre, Extraordinary Senior Researcher (0,20)
2001–2004    Estonian Biocentre, Senior Researcher (0,20)
01.01.1999–31.12.2000    Postdoc training, Karolinska Institute, Center for Genomics and Bioinformatics Research, SWEDEN
01.01.1997–31.12.1998    Postdoc training, Uppsala University, Department of Molecular Biology, Bioinformatics group, SWEDEN
1990–1992    Estonian Biocentre, Researcher (1,00)
 
 
Education
1992–1997    Ph.D. Student, University of Tartu, ESTONIA
1983–1990    University of Tartu, Faculty of Biology and Geography, graduated as biochemist.
 
 
R&D related managerial and administrative work
2015−...    member of the expert commission of the Estonian Research Council
2008−...    Member of International Society of Computational Biology (ISCB)
2007−...    Member of University of Tartu programme committee for developing "Gene Technology" and "Biology" curricula for Master and Bachelor level.
2003−...    Member of council, Institute of Molecular and Cellular Biology
2008−2015    Head of the Centre of Excellence in Genomics at Estonian Biocentre
2008−2009    Member of Scientific Competence Council at Estonian Ministry of Education and Research
2005−2005    Main organizer for the 7th annual Nordic Bioinformatics conference Bioinformatics2005 in Tartu (23 speakers, ca 200 participants, mostly from outside Estonia).
2004−2007    Member of council, Faculty of Biology and Geography
2004−2005    Installation of Linux based computer class and joining it with the Estonian GRID project
2004−2011    Member of expert comission of Scientific Competence at Estonian Ministry of Education and Research.
2004−2012    Representative of Estonia in board of Nordic Society of Bioinformatics.
2004−2007    Member of council, Faculty of Biology and Geography, University of Tartu
 
 
Creative work
Textbook for graduate students "Principles of Bioinformatics" (2015).
http://www.tyk.ee/loodusteadused/00000011691;

Qualifications

 
 
Honours & awards
2008, FirstName_36908 LastName_36908, National Science Award
2001, FirstName_36908 LastName_36908, EC project Genemill repatriation grant
 
 
Field of research
FIELD OF RESEARCH: 1. Biosciences and Environment; 1.12. Biotechnology, Molecular Biology, Cell Biology, Biophysics and Economic and Technological Research relating to Bio- and Environmental Sciences; CERCS SPECIALTY: B110 Bioinformatics, medical informatics, biomathematics, biometrics
FIELD OF RESEARCH: 3. Health; 3.11. Biochemistry, Genetics, Microbiology, Biotechnology, Molecular Biology, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics relating to Health Studies; CERCS SPECIALTY: B110 Bioinformatics, medical informatics, biomathematics, biometrics
 
 
Additional information
PhD
University of Tartu, 1997

Supervised dissertations

Publications

Category
Year
Publication
 
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
3.1.
2015
3.1.
2015
3.1.
2015
5.2.
2015
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
3.1.
2013
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
5.1.
2008
5.1.
2008
5.1.
2008
5.2.
2008
1.1.
2007
1.1.
2007
1.1.
2007
1.1.
2007
1.1.
2007
1.1.
2007
3.1.
2007
3.1.
2007
1.1.
2006
1.1.
2006
1.1.
2006
1.1.
2006
3.2.
2006
1.1.
2005
1.1.
2005
1.1.
2005
1.1.
2005
5.2.
2005
3.1.
2004
5.2.
2003
1.1.
2002
1.1.
2002
5.1.
2002
5.1.
2002
5.1.
2002
5.2.
2002
1.1.
2001
5.1.
2001
1.1.
2000
1.1.
1999
1.1.
1995
1.1.
1992
1.1.
1992
  • Leitud 20 kirjet
ProgrammNumberNimiProjekti algusProjekti lõppVastutav täitjaAsutusRahastamine kokku
MUULLTMR16091Ampitsiliini ja klindamütsiini resistentsust määravate geenide olemasolu tuvastamine tüves Lactobacillus brevis TAK 124-1 AerobEst® NCIMB4214901.04.201630.09.2016FirstName_722070 LastName_722070Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut1 675,00 EUR
MUUSARMB11183T (3.2.0701.11-0013)Antibiootikumresistentsuse molekulaarne multipleks diagnostika01.11.201131.12.2014FirstName_973720 LastName_973720Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Mikrobioloogia instituut575 233,00 EUR
MUULSHB-CT-2007-037592Applied venomics of the cone snail species Conus consors for the accelerated, cheaper, safer and more ethical production of innovative biomedical drugs01.02.200731.01.2012FirstName_719616 LastName_719616Eesti Biokeskus500 140,99 EUR
MUUMBGMR05146RArray based sequencing-by-synthesis01.09.200531.08.2007FirstName_717337 LastName_717337Tartu Ülikool134 636,02 EUR
SFSF0180026s09Bioinformaatika rakendamine genoomijärjestuste uurimiseks 01.01.200931.12.2014FirstName_729243 LastName_729243Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond546 107,92 EUR
MUUSLOTI12206T (3.2.0701.12-0038)Biotehnoloogiliste meetodite arendus toiduallergeenide seireks01.12.201231.08.2015FirstName_714833 LastName_714833Tartu Ülikool530 136,63 EUR
MUUIBGMR05044DNA-DNA interaktsioonide modelleerimine01.03.200531.05.2007FirstName_718333 LastName_718333Tartu Ülikool332 858,26 EUR
TKTK142Genoomika ja Siirdemeditsiini Tippkeskus01.01.201601.03.2023FirstName_729935 LastName_729935Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu3 862 819,20 EUR
TKTK10, 3.2.0101.08-0011Genoomika tippkeskus01.02.200831.08.2015FirstName_736394 LastName_736394Eesti Biokeskus4 844 886,43 EUR
MUUSBGMR04008IKT rakendamine kõrghariduses. Bioinfo klaster01.12.200301.04.2004FirstName_715525 LastName_715525Tartu Ülikool8 947,63 EUR
SFSF0182649s04Inimese genoomi haplotüüpse struktuuri analüüs (0182649s04)01.01.200431.12.2008FirstName_728904 LastName_728904Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond224 329,88 EUR
IUTIUT34-11Kiiremad ja usaldusväärsemad meetodid genoomijärjestuste analüüsimiseks01.01.201531.12.2020FirstName_1024357 LastName_1024357Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut288 000,00 EUR
MUULLOMR10049Kompleksdiagnostikaks sobivate praimerite ja hübridisatsiooniproovide disainimine15.04.201031.12.2012FirstName_717363 LastName_717363Tartu Ülikool25 564,66 EUR
ETFETF6041Konserveerunud järjestuselementide detekteerimine eukarüootsetes genoomides võrdleva genoomika abil01.01.200531.12.2006FirstName_731603 LastName_731603Eesti Biokeskus12 910,15 EUR
MUULLOMR14084Laktobatsillide genoomide võrdlus10.06.201431.08.2015FirstName_721788 LastName_721788Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut12 000,00 EUR
MUUMBGMR07249Modular Education for Interdisciplinary Systems Biology01.11.200731.12.2009FirstName_716982 LastName_716982Tartu Ülikool33 464,27 EUR
MUULLOMR10018PCR-i praimerite ja Luminex hübridisatsiooniproovide disainimine"01.01.201030.06.2010FirstName_720756 LastName_720756Tartu Ülikool19 173,49 EUR
MUUSLIC-513771 (LSHB-CT-2005-513771)SLIC-Biosensors in Molecular Diagnostics: Nanotechnology for the Analysis of species-specific Microbial Transcripts01.01.200531.12.2007FirstName_731608 LastName_731608Eesti Biokeskus383 999,97 EUR
APSF0180026s09APVäikesemahulise teaduse infrastruktuuri kaasajastamine teadusteema SF0180026s09 raames01.01.201031.12.2011FirstName_730510 LastName_730510Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond63 911,65 EUR
APSF0180026s09AP13Väikesemahulise teaduse infrastruktuuri kaasajastamine teadusteema SF0180026s09 raames01.01.201331.12.2014FirstName_730532 LastName_730532Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut64 000,00 EUR
  • Leitud 83 kirjet
PublikatsioonKlassifikaatorFail
Toubiana, Julie; Okada, Satoshi; Hiller, Julia; Oleastro, Matias; Lagos Gomez, Macarena; Aldave Becerra, Juan Carlos; Ouachée-Chardin, Marie; Fouyssac, Fanny; Girisha, Katta Mohan; Etzioni, Amos; Van Montfrans, Joris; Camcioglu, Yildiz; Kerns, Leigh Ann; Belohradsky, Bernd; Blanche, Stéphane; Bousfiha, Aziz; Rodriguez-Gallego, Carlos; Meyts, Isabelle; Kisand, Kai; Reichenbach, Janine ... , (2016). Heterozygous STAT1 gain-of-function mutations underlie an unexpectedly broad clinical phenotype. Blood, 127 (25), 3154−3164, 10.1182/blood-2015-11-679902.1.1.
Jakobson, Liina1☯; Vaahtera, Lauri☯; Tõldsepp, Kadri☯; Nuhkat, Maris; Wang, Cun; Wang, Yuh-Shuh; Hõrak, Hanna; Valk, Ervin; Pechter, Priit; Sindarovska, Yana; Tang, Jing; Xiao, Chuanlei; Xu, Yang; Gerst Talas, Ulvi; Garcia-Sosa, Alfonso T.; Kangasjärvi, Saijaliisa; Maran, Uko; Remm, Maido; Roelfsema, M. Rob G.; Hu, Honghong ... Brosche, Mikael (2016). Natural Variation in Arabidopsis Cvi-0 Accession Reveals an Important Role of MPK12 in Guard Cell CO2 Signaling. Plos Biology, 1/25−25/25, 10.1371/journal.pbio.2000322.1.1.
Brauer, Age; Telling, Kaidi; Laht, Mailis; Kalmus, Piret; Lutsar, Irja; Remm, Maido; Kisand, Veljo; Tenson, Tanel (2016). Plasmid with colistin resistance gene mcr-1 in ESBL-producing Escherichia coli strains isolated from pig slurry in Estonia. Antimicrobial agents and chemotherapy, 60 (11), 6933−36, 10.1128/AAC.00443-16.1.1.
Karmin, Monika; Saag, Lauri; Vicente, Mário; Wilson Sayres, Melissa A; Järve, Mari; Talas, Ulvi Gerst; Rootsi, Siiri; Ilumäe, Anne-Mai; Mägi, Reedik; Mitt, Mario; Pagani, Luca; Puurand, Tarmo; Faltyskova, Zuzana; Clemente, Florian; Cardona, Alexia; Metspalu, Ene; Sahakyan, Hovhannes; Yunusbayev, Bayazit; Hudjashov, Georgi; DeGiorgio, Michael ... Kivisild, Toomas (2015). A recent bottleneck of Y chromosome diversity coincides with a global change in culture. Genome Research, 25 (4), 459−466, 10.1101/gr.186684.114.1.1.
Kaplinski, Lauris; Lepamets, Maarja; Remm, Maido (2015). GenomeTester4: a toolkit for performing basic set operations - union, intersection and complement on k-mer lists. GigaScience, 4 (58), 1−8, 10.1186/s13742-015-0097-y.1.1.
Palta, Priit; Kaplinski, Lauris; Nagirnaja, Liina; Veidenberg, Andres; Möls, Märt; Nelis, Mari; Esko, Tõnu; Metspalu, Andres; Laan, Maris; Remm, Maido (2015). Haplotype phasing and inheritance of copy number variants in nuclear families. PLoS ONE, 10 (4), UNSP e0122713, 10.1371/journal.pone.0122713.1.1.
Kõiv, V.; Roosaare, M.; Vedler, E; Kivistik., P A; Toppi, K.; Schryer, DW.; Remm, M.; Tenson, T; Mäe, A. (2015). Microbial population dynamics in response to Pectobacterium atrosepticum infection in potato tubers. Scientific Reports, 5 (11606), 1−18, 10.1038/srep11606.1.1.
Andreson, Reidar; Kaplinski, Lauris; Remm Maido (2015). Fast masking of repeated primer binding sites in eukaryotic genomes. In: Basu, Chhandak (Ed.). PCR Primer Design (1−16). New York: Springer. (Methods in Molecular Biology).3.1.
Kaplinski, Lauris; Remm, Maido (2015). MultiPLX: automatic grouping and evaluation of PCR primers. In: Basu, Chhadank (_EditorsAbbr). PCR Primer Design (127−142). New York: Springer. (Methods in Molecular Biology).3.1.
Naaber, Paul; Balode, Arta; Egorova, Svetlana; Huik, Kristi; Ivanova, Marina; Kaftyreva, Lidia; Kõljalg, Siiri; Kõressaar, Triinu; Lillo, Jana; Löhr, Iren; Miciuleviciene, Jolanta; Pai, Kristiine; Pavelkovich, Anastassia; Remm, Maido; Sepp, Epp (2015). The epidemiology of CTX-M group genes among clinical Escherichia coli strains in Estonia, Latvia, Lithuania, Norway and Russia. 5.2.
van den Brand, M.; Peters, R.P.; Catsburg, A.; Rubenjan, A.; Broeke, F.J.; van den Dungen, F.A.; van Weissenbruch, M.M.; van Furth, A.M.; Kõressaar, T.; Remm, M.; Savelkoul, P.H.; Bos, M.P. (2014). Development of a multiplex real-time PCR assay for the rapid diagnosis of neonatal late onset sepsis. Journal of Microbiological Methods, 106, 8−15, 10.1016/j.mimet.2014.07.034.1.1.
Sothiselvam, S; Liu, B; Han, W; Ramu, H; Klepacki, D; Atkinson, GC; Brauer, A; Remm, M; Tenson, T; Schulten, K; Vázquez-Laslop, N; Mankin, AS. (2014). Macrolide antibiotics allosterically predispose the ribosome for translation arrest. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 111 (27), 9804−9809, 10.1073/pnas.1403586111.1.1.
Nagirnaja, Liina; Palta, Priit; Kasak, Laura; Rull, Kristiina; Christiansen, Ole B.; Nielsen, Henriette S.; Steffensen, Rudi; Esko, Tõnu; Remm, Maido; Laan, Maris (2014). Structural genomic variation as risk factor for idiopathic recurrent miscarriage. Human Mutation, 35 (8), 972−982, 10.1002/humu.22589.1.1.
Vedler, Eve; Heinaru, Eeva; Jutkina, Jekaterina; Viggor, Signe; Kõressaar, Triinu; Remm, Maido; Heinaru, Ain (2013). Limnobacter spp. as newly detected phenol-degraders among Baltic Sea surface water bacteria characterized by comparative analysis of catabolic genes. Systematic and Applied Microbiology, 36 (8), 525−532, 10.1016/j.syapm.2013.07.004.1.1.
Nikopensius, T; Annilo, T; Jagomägi, T; Gilissen, C; Kals, M; Krjutškov, K; Mägi, R; Eelmets, M; Gerst-Talas, U; Remm, M; Saag, M; Hoischen, A; Metspalu, A (2013). Non-syndromic Tooth Agenesis Associated with a Nonsense Mutation in Ectodysplasin-A (EDA). Journal of Dental Research, 92 (6), 507−511, 10.1177/0022034513487210.1.1.
Koua, D; Laht, S; Kaplinski, L; Stöcklin, R; Remm, M; Favreau, P; Lisacek, F (2013). Position-specific scoring matrix and hidden Markov model complement each other for the prediction of conopeptide superfamilies. Biochimica et Biophysica Acta-Proteins and Proteomics, 1834 (4), 717−724, 10.1016/j.bbapap.2012.12.015.1.1.
Remm, Maido; Krjutškov, Kaarel; Metspalu, Andres (2013). Primer Design for Large-Scale Multiplex PCR and Arrayed Primer Extension (APEX). In: Tania Nolan; Stephen A. Bustin (_EditorsAbbr). PCR Technology: Current Innovation - 3rd Edition (199−207). CRC PRESS.3.1.
Koressaar, Triinu; Remm, Maido (2012). Characterization of Species-Specific Repeats in 613 Prokaryotic Species. DNA Research, 19 (3), 219−230, 10.1093/dnares/dss006.1.1.
Koua, D.; Brauer, A.; Laht, S.; Kaplinksi, L.; Favreau, P.; Remm, M.; Lisacek, F.; Stöcklin, R. (2012). ConoDictor: a tool for prediction of conopeptide superfamilies. Nucleic Acids Research, 40, W238−W241, 10.1093/nar/gks337.1.1.
Terrat Y, Biass D, Dutertre S, Favreau P, Remm M, Stöcklin R, Piquemal D, Ducancel F. (2012). High-resolution picture of a venom gland transcriptome: Case study with the marine snail Conus consors. Toxicon, 59, 34−46.1.1.
Võsa, L; Sudakov, A; Remm, M; Ustav, M; Kurg, R. (2012). Identification and analysis of papillomavirus E2 protein binding sites in the human genome. Journal of Virology, 86 (1), 348−357, 10.1128/JVI.05606-11.1.1.
Laht S, Koua D, Kaplinski L, Lisacek F, Stöcklin R, Remm M (2012). Identification and classification of conopeptides using profile Hidden Markov Models. Biochimica et Biophysica Acta-Proteins and Proteomics, 1824, 488−492.1.1.
Saare, Merli; Sõritsa, Deniss; Vaidla, Kadri; Palta, Priit; Remm, Maido; Laan, Martti; Karro, Helle; Sõritsa, Andrei; Salumets, Andres; D'Hooghe, Thomas; Peters, Maire (2012). No evidence of somatic DNA copy number alterations in eutopic and ectopic endometrial tissue in endometriosis. Human Reproduction, 27 (6), 1857−1864, 10.1093/humrep/des125.1.1.
Untergasser, Andreas; Cutcutache, Ioana; Koressaar, Triinu; Ye, Jian; Faircloth, Brant C; Remm, Maido; Rozen, Steve. (2012). Primer3 - new capabilities and interfaces. Nucleic Acids Research, 40 (15), e115, 10.1093/nar/gks596.1.1.
Brauer, A.; Kurz, A.; Stockwell, T.; Baden-Tillson, H.; Heidler, J.; Wittig, I.; Kauferstein, S.; Mebs, D.; Stöcklin, R.; Remm, M. (2012). The Mitochondrial Genome of the Venomous Cone Snail Conus consors. PLoS ONE, 7 (12), e51528 .1.1.
  • Leitud 21 kirjet
PealkiriJuhendatavKraadJuhendajaKaitsmise staatusKaitsmise aastaAsutus
Identification of eukaryotic taxons from raw sequencing data using taxon-specific k-mersLastName_676041, FirstName_676041doktorikraadFirstName_676041 LastName_676041JuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Bioinformaatika õppetool
Classification and identification of conopeptides using profile hidden Markov models and position-specific scoring matrices - doktorikraadFirstName_677787 LastName_677787Kaitstud2015Tartu Ülikool
Computational methods for DNA copy number detection - doktorikraadFirstName_672684 LastName_672684Kaitstud2015Tartu Ülikool
Development of a methodology for predicting the quality of resequencing probes - magistrikraadFirstName_676038 LastName_676038Kaitstud2008Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Distribution and phylogeny of the bacterial translational GTPases and the Mqsr/YgiT regulatory system - doktorikraadFirstName_679212 LastName_679212; FirstName_679212 LastName_679212Kaitstud2013Tartu Ülikool
Erinevate in silico meetodite võrdlus PCR praimerite kvaliteedi parandamiseks - magistrikraad (teaduskraad)FirstName_674979 LastName_674979; FirstName_674979 LastName_674979Kaitstud2002Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
From virus to host gene transfer in eukaryotesLastName_630141, FirstName_630141doktorikraadFirstName_630141 LastName_630141; FirstName_630141 LastName_630141JuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Bioinformaatika õppetool
Improvement of PCR primer design for detection of prokaryotic species - doktorikraadFirstName_651703 LastName_651703Kaitstud2012Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
Methods and software for predicting PCR failure rate in large genomes - doktorikraadFirstName_637641 LastName_637641Kaitstud2008Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
Methods for fast detection of taxonomic units using second generation sequencing data - doktorikraadFirstName_677788 LastName_677788JuhendamiselTartu Ülikool
Nukleotiidide, koodonite ja aminohapete sagedused kõrge ekspressioonitasemega geenides - magistrikraadFirstName_648021 LastName_648021; FirstName_648021 LastName_648021Kaitstud2006Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Bioinformaatika õppetool
Papilloomiviirustes E8 valku kodeeriva ala tuvastamine in silicoMikk PuustusmaamagistrikraadFirstName_630138 LastName_630138; FirstName_630138 LastName_630138Kaitstud2014Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Bioinformaatika õppetool
Polümeraasi ahelreaktsiooni modelleerimine DNA amplifitseerimiseks bakteriaalsetest genoomidest - magistrikraad (teaduskraad)FirstName_676037 LastName_676037Kaitstud2006Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond
Role of viruses in evolution and evolution of virusesLastName_696514, FirstName_696514doktorikraadFirstName_696514 LastName_696514; FirstName_696514 LastName_696514JuhendamiselTartu Ülikool
Sequence motifs influencing the efficiency of translationLastName_696503, FirstName_696503doktorikraadFirstName_696503 LastName_696503; FirstName_696503 LastName_696503Kaitstud2009Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
Statistical methods for DNA copy-number detectionPriit Paltamagistrikraad (teaduskraad)FirstName_640681 LastName_640681Kaitstud2007Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Taksoni-spetsiifiliste praimerite disaini metoodika arendus ning selle rakendamine allergeensete taimeliikide tuvastamisel - magistrikraadFirstName_676040 LastName_676040; FirstName_676040 LastName_676040Kaitstud2015Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
The application of oligonucleotide hybridization model for PCR and microarray optimization - doktorikraadFirstName_651704 LastName_651704Kaitstud2013Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
The Linkage Disequilibrium And The Selection of Genetic markers For Association Studies in European Populations - doktorikraadFirstName_637556 LastName_637556Kaitstud2007Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Valgudomeenide analüüs koonusteos Conus consors - magistrikraadFirstName_676039 LastName_676039Kaitstud2014Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Bioinformaatika õppetool
Virus identification using taxon-specific marker sequences from unassembled sequencing dataLastName_679641, FirstName_679641doktorikraadFirstName_679641 LastName_679641JuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
  • Leitud 1 kirjet
TüüpPrioriteedi numberPrioriteedi kuupäevPrioriteedi klassifikaatorPealkiriAutoridFailAsutused
Patentne leiutisP20080002218.04.2008Rahvusvaheline (IPC)Meetod, komplekt, oligonukleotiidid ja DNA järjestused organismide identifitseerimiseks ja/või kvantifitseerimiseks taksonspetsiifiliste nukleiinhappe järjestuste abilFirstName_707202 LastName_707202; Kai Jõers; FirstName_707202 LastName_707202Tartu Ülikool