FirstName_6201 LastName_6201

19.11.1963
+372 737 4846
H-2007-2015
0000-0002-1457-2291

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
01.01.2016–...    Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Tehnoloogiainstituut, Vanemteadur (1,00)
01.09.2010–31.12.2015    Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut, Vanemteadur (1,00)
01.01.2010–31.08.2010    Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut, Teadur (1,00)
01.01.2005–31.12.2009    Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut, Vanemteadur (1,00)
2004–2004    Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut, erakorraline teadur (1,00)
2001–2001    Tuftsi Ülikool, Medford, Massachussets, USA, järeldoktor (1,00)
2001–2003    Northeasterni Ülikool, bioloogiaosakond, Boston, Massachussets, USA, postdoctoral research associate; (1,00)
1987–1994    Tartu Ülikool, geneetika kateeder, Nooremteadur (1,00)
 
 
Haridustee
1994–1999    Tartu Ülikool, doktoriõpe
1982–1987    Tartu Ülikool, bioloogia eriala

Kvalifikatsioon

 
 
Teaduspreemiad ja tunnustused
1996, FirstName_6201 LastName_6201, Euroopa Mikrobioloogiaühingute Föderatsiooni noore teadlase stipendium tööks Hispaania Rahvuslikus Biotehnoloogiakesuses Madriidis
 
 
Teadustöö põhisuunad
VALDKOND: 1. Bio- ja keskkonnateadused; 1.2. Mikrobioloogia; CERCS ERIALA: B230 Mikrobioloogia, bakterioloogia, viroloogia, mükoloogia ; PÕHISUUND: Antibiootikmid

Juhendatud väitekirjad

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
1.1.
2017
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2013
3.1.
2013
6.2.
2013
1.1.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2008
1.1.
2006
3.1.
2005
1.1.
2004
1.1.
2004
1.1.
2004
1.1.
2000
1.1.
2000
1.1.
1996

FirstName_6201 LastName_6201

19.11.1963
+372 737 4846
H-2007-2015
0000-0002-1457-2291

Career

Institution and position
01.01.2016–...    University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Technology, Senior Researcher (1,00)
01.09.2010–31.12.2015    University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Technology, University of Tartu, Senior Researcher (1,00)
01.01.2010–31.08.2010    University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Technology, University of Tartu, Researcher (1,00)
01.01.2005–31.12.2009    University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Technology, University of Tartu, Senior Researcher (1,00)
2004–2004    University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Technology, University of Tartu, Extraordinary Researcher (1,00)
2001–2001    Tufts University, Medford MA, postdoctoral research associate (1,00)
2001–2003    Northeastern University, Boston MA, department of biology, postdoctoral research associate, (1,00)
1987–1994    University of Tartu, department of genetics, Junior Researcher (1,00)
 
 
Education
1994–1999    University of Tartu, PhD student
1982–1987    University of Tartu, biology major

Qualifications

 
 
Honours & awards
1996, FirstName_6201 LastName_6201, FEMS Young Scientist Award
 
 
Field of research
FIELD OF RESEARCH: 1. Biosciences and Environment; 1.2. Microbiology; CERCS SPECIALTY: B230 Microbiology, bacteriology, virology, mycology ; SPECIALITY: Antibiotics
 
 

Completed projects

Supervised dissertations

Publications

Category
Year
Publication
 
1.1.
2017
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2013
3.1.
2013
6.2.
2013
1.1.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2008
1.1.
2006
3.1.
2005
1.1.
2004
1.1.
2004
1.1.
2004
1.1.
2000
1.1.
2000
1.1.
1996
  • Leitud 7 kirjet
ProgrammNumberNimiProjekti algusProjekti lõppVastutav täitjaAsutusRahastamine kokku
SFSF0182564s03Antibiootikumide toimemehhanismid01.01.200331.12.2007FirstName_728898 LastName_728898Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut317 960,45 EUR
IUTIUT2-22Antibiootikumide toimemehhanismid ja antibiootikumiresistentsus01.01.201331.12.2018FirstName_1024333 LastName_1024333Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Tehnoloogiainstituut840 000,00 EUR
SFSF0180166s08Antibiootikumide toimemehhanismid ja antibiootikumiresistentsuse levik01.01.200831.12.2012FirstName_729235 LastName_729235Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut558 335,96 EUR
ETFETF9020Mitokondri translatsiooni initsiatsioonifaktorite levik, funktsioon ja evolutsioon uurituna in silico, in vitro ja in vivo meetodite abil01.01.201231.12.2015FirstName_1095274 LastName_1095274Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut69 600,00 EUR
ETFETF8822Toksiini-antitoksiini süsteemid kui geeniaktiivsuse regulaatorid01.01.201131.12.2014FirstName_1090634 LastName_1090634Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut48 000,00 EUR
ETFETF6764Toksiinid-antitoksiinid ja bakterite antibiootikumitolerantsus01.01.200631.12.2009FirstName_724301 LastName_724301Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond26 291,92 EUR
ETFETF6768Translatsioon stressis kahjustuste eest kaitsvate geenide funktsioonid01.01.200631.12.2009FirstName_724068 LastName_724068Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond46 396,14 EUR
  • Leitud 19 kirjet
PublikatsioonKlassifikaatorFail
Mets, Toomas; Lippus, Markus; Schryer, David; Liiv, Aivar; Kasari, Villu; Paier, Anton; Maiväli, Ülo; Remme, Jaanus; Tenson, Tanel; Kaldalu, Niilo (2017). Toxins MazF and MqsR cleave Escherichia coli ribosomal RNA precursors at multiple sites. RNA Biology, 00, 10.1080/15476286.2016.1259784 [forthcoming].1.1.
Kaldalu, Niilo; Jõers, Arvi; Ingelman, Henri; Tenson, Tanel (2016). <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26468097">A General Method for Measuring Persister Levels in Escherichia coli Cultures.</a>. Methods in molecular biology, 1333, 29−42, 10.1007/978-1-4939-2854-5_3.1.1.
Allas, Ü.; Toom, L.; Selyutina, A.; Mäeorg, U.; Medina, R.; Merits, A.; Rinken, A.; Hauryliuk, V.; Kaldalu, N.; Tenson, T. (2016). Antibacterial activity of the nitrovinylfuran G1 (Furvina) and its conversion products. Scientific Reports, 6, 36844, 10.1038/srep36844.1.1.
Kaldalu, Niilo; Hauryliuk, Vasili; Tenson, Tanel. (2016). Persisters-as elusive as ever. Applied Microbiology and Biotechnology, x−x, 10.1007/s00253-016-7648-8.1.1.
Kasari, V.; Mets, T.; Tenson, T.; Kaldalu, N. (2013). Transcriptional cross-activation between toxin-antitoxin systems of Escherichia coli. BMC Microbiology, 13 (45), 45, 10.1186/1471-2180-13-45.1.1.
Kaldalu, Niilo; Kasari, Villu; Atkinson, Gemma; Tenson, Tanel (2013). Type II Toxin-Antitoxin Loci: The Unusual mqsRA Locus. In: Kenn Gerdes (_EditorsAbbr). Prokaryotic Toxin-Antitoxins (93−105). Springer Heidelberg.3.1.
Tenson, Tanel; Kaldalu, Niilo; Tenhunen, Antero; Hain, Elmar; Venäläinen, Juha; Tihtarinen-Ulmanen, Marja; Holopainen, Mervi; Sotkas, Panu; Happonen, Päivi (2013). Bioloogia gümnaasiumile, III. . Avita.6.2.
Luidalepp H, Jõers A, Kaldalu N, Tenson T. (2011). Age of inoculum strongly influences persister frequency and can mask effects of mutations implicated in altered persistence. Journal of Bacteriology, 193 (14), 3598−3605.1.1.
Kasari, V.; Kurg, K.; Margus, T.; Tenson, T.; Kaldalu, N. (2010). The <i>Escherichia coli mqsR</i> and <i>ygiT </i>genes encode a new toxin-antitoxin pair. Journal of Bacteriology, 192 (11), 2908−2919, 10.1128/JB.01266-09.1.1.
Jõers, A.; Kaldalu, N.; Tenson, T. (2010). The frequency of persisters in Escherichia coli reflects the kinetics of wake-up from dormancy. Journal of Bacteriology, 3379−3384.1.1.
Roostalu, J.; Jõers, A.; Luidalepp, H.; Kaldalu, N.; Tenson, T. (2008). Cell division in Escherichia coli cultures monitored at single cell resolution. BMC Microbiology, 8 (68), 68, 10.1186/1471-2180-8-68.1.1.
Shah, D.; Zhang, Z.; Khodursky, A.B; Kaldalu, N.; Kurg, K.; Lewis, K. (2006). Persisters: a distinct physiological state of E. coli. BMC Microbiology, 6, art. no. 53.1.1.
Lewis, K.; Spoering, A.; Kaldalu, N.; Keren, I.; Shah, D. (2005). Persisters: Specialized Cells Responsible For Biofilm Tolerance To Antimicrobial Agents. In: Pace, J.; Rupp, M.E.; Finch, R.G. (_EditorsAbbr). Biofilms, Infection, and Antimicrobial Therapy (241−256). Boca Raton, London, New York, Singapore: Taylor &amp; Francis.3.1.
Kaldalu, Niilo; Mei, Rui; Lewis, Kim (2004). Killing by Ampicillin and Ofloxacin Induces Overlapping Changes in Escherichia coli Transcription Profile. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 48 (3), 890−896.1.1.
Keren, Iris; Kaldalu, Niilo; Spoering, Amy; Wang, Yipeng; Lewis, Kim (2004). Persister cells and tolerance to antimicrobials. FEMS Microbiology Letters, 230 (1), 13−18.1.1.
Keren, Iris; Shah, Devang; Spoering, Amy; Kaldalu, Niilo; Lewis, Kim (2004). Specialized Persister Cells and the Mechanism of Multidrug Tolerance in Escherichia coli. Journal of Bacteriology, 186 (24), 8172−8180.1.1.
Kaldalu, N.; Lepik, D.; Kristjuhan, A.; Ustav, M. (2000). A Novel Immunotag System for Monitoring and Purification of Proteins. Biotechniques, 28 (3), 456−462.1.1.
Kaldalu, N.; Toots, U.; de Lorenzo, V.; Ustav, M. (2000). Functional domains of the TOL plasmid transcription factor XylS. Journal of Bacteriology, 182 (4), 1118−1126.1.1.
Kaldalu, N.; Mandel, T.; Ustav, M. (1996). TOL plasmid transcription factor XylS binds specifically to the Pm operator sequence. Molecular Microbiology, 20 (3), 569−579.1.1.
  • Leitud 7 kirjet
PealkiriJuhendatavKraadJuhendajaKaitsmise staatusKaitsmise aastaAsutus
Bacterial toxin-antitoxin systems: transcriptional cross-activation and characterization of a novel mqsRA system - doktorikraadFirstName_694514 LastName_694514Kaitstud2013Tartu Ülikool
Escherichia coli ygiUT lookuse geeniekspressiooni uurimine - magistrikraadFirstName_682271 LastName_682271Kaitstud2007Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Fenotüübiline varieeruvus Escherichia coli populatsioonides vastusena antibiootikumidele - magistrikraadFirstName_694512 LastName_694512Kaitstud2007Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
Klooramfenikooli ja tetratsükliini mõju Esherichia coli statsionaarse faasi kultuurile - magistrikraadFirstName_694513 LastName_694513; FirstName_694513 LastName_694513Kaitstud2010Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut, Geograafia osakond
Toksiini YgiU üleekspressioonist põhjustataud muutused Escherichia coli rakkudes - magistrikraadFirstName_694510 LastName_694510Kaitstud2007Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Toksiinide-antitoksiinide regulatoorne võrgustik - doktorikraadFirstName_694515 LastName_694515JuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut
Uurimus Escherichia coli toksiin-antitoksiin süsteemidest - magistrikraadFirstName_694511 LastName_694511; FirstName_694511 LastName_694511Kaitstud2012Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
  • Leitud 2 kirjet
TüüpPrioriteedi numberPrioriteedi kuupäevPrioriteedi klassifikaatorPealkiriAutoridFailAsutused
Patentne leiutisPCT/EE01/0000126.02.2001Rahvusvaheline (IPC) Peptide tag for monitoring and purification of proteinsFirstName_703633 LastName_703633; FirstName_703633 LastName_703633; FirstName_703633 LastName_703633Quattromed OÜ
Patentne leiutisUS200317061526.02.2001Rahvusvaheline (IPC)Peptide tag for monitoring and purification of proteinsFirstName_703664 LastName_703664; FirstName_703664 LastName_703664; FirstName_703664 LastName_703664Quattromed AS