FirstName_36811 LastName_36811

14.11.1966
737 5483
+372 50 49 365
http://biit.cs.ut.ee/
Professor, Bioinformaatika ;
BIIT rühm http://biit.cs.ut.ee/ ;
TÜ Arvutiteaduse instituudi juhataja.
Eesti Teaduste Akadeemia liige
Google Scholar profiil: http://eid.ee/3qj

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
01.01.2012–...    Eesti Teaduste Akadeemia, liige (0,01)
01.09.2009–...    Tarkvara TAK, Teadussuuna juht (0,20)
01.12.2007–...    Tartu Ülikool, Professor (Bioinformaatika), Arvutiteaduse instituut. (1,00)
01.01.2006–...    OÜ Quretec, juhatuse liige (0,05)
2008–2008    Eesti Biokeskus, Erakorraline vanemteadur (0,20)
01.09.2005–30.11.2007    Tartu Ülikool, Vanemteadur, Arvutiteaduse instituut (1,00)
01.09.2004–31.08.2005    Tartu Ülikool, Dotsent, Arvutiteaduse instituut (0,50)
01.01.2002–31.12.2006    Eesti Biokeskus, erak. vanemteadur, 0.1
01.01.2002–31.12.2006    EGeen Inc, Director of Informatics
01.01.1999–31.12.2002    European Bioinformatics Institute EMBL-EBI,Senior Techincal Officer / Researcher
01.01.1997–31.12.1999    Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse instituut, uurimisassistent
01.01.1993–31.12.1997    Helsingi Ülikool, assistent (5-aastane ametikoht)
01.01.1991–31.12.1993    Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse Instituut, õpetaja
01.01.1990–31.12.1990    Küberneetika Instituut, insener
01.01.1989–31.12.1990    Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse Instituut, õpetaja
 
 
Haridustee
1991–1999    Helsingi Ülikool, Arvutiteadus, PhD, 2002
1984–1991    Tartu Ülikool, Rakendusmatemaatika, 1991
1973–1984    Tallinna II Keskkool (Reaalkool)
 
 
Teadusorganisatsiooniline ja -administratiivne tegevus
2014−...    Tartu Ülikooli Realia ja Naturalia valdkonna nõukogu liige.
2012−...    Tartu Ülikooli Senati liige 2012-
2012−...    ETAG Hindamisnõukogu liige
2012−...    Eesti Teaduste Akadeemia liige
2011−...    TÜ Arvutiteaduse instituudi juhataja, instituudi nõukogu esimees
2011−...    Eesti Teadusarvutuste Infrastruktuuri ETAIS nõukogu esimees
2008−...    Tartu Ülikooli Teadusarvutuste Keskuse Nõukogu liige
2006−...    ECCB (European Conference on Computational Biology), Steering Committee Member (2006- ..
2000−...    Mitmete ajakirjade (Bioinformatics, NAR, BMC Systems Biology, BMC Bioinformatics, Febs J, etc) reviewer
2000−...    Rahvusvahelise bioinformaatika seltsi ISCB liige
1991−...    Association for Computing Machinery (ACM, http://www.acm.org/), liige
2014−2014    ECCB - valdkonna programmkomitee juht
2011−2016    Riikliku programmi "Eesti keele tehnoloogia 2011-2017" juhtkomitee juht
2011−2013    Rahvusvahelise ESFRI projekti ELIXIR ajutise nõukogu liige (Eesti teaduslik esindaja)
2010−2010    Euroopa Bioinformaatika konverentsi ECCB2010 Programmkomitee Valdkonna juht
2008−2011    Euroopa bioinformaatika teadusinfrastruktuuri projekti ELIXIR hariduse- ja teadusressursside alakomiteede liige, Eesti esindaja.
2007−2015    Matemaatika-Informaatika teaduskonna nõukogu liige
2006−2011    Riikliku programmi "Eesti keele keeletehnoloogiline tugi 2006-2010" juhtkomitee juht
2005−2005    Bioinformatics 2005, Tartu, juuni 2005, (Põhjamaade Bioinformaatika seltsi) konverentsi programm- ja orgkomitee liige.
2005−2005    Bioinformaatika professori valimiste nõukogude liige (TTÜ, TÜ)
2005−2009    Eesti GRID juhtkomitee liige (THM moodustatud)
2004−2004    WABI 2004 Program committee member
2004−2010    Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB) - Programmkomitee liige
2004−2009    European Conference on Computational Biology (ECCB) Programmikomitee liige

Kvalifikatsioon

 
 
Teaduspreemiad ja tunnustused
2016, FirstName_36811 LastName_36811, Väike medal, Tartu Ülikool
2015, FirstName_36811 LastName_36811, Haridus- ja Teadusminsiteeriumi tänukiri: Sten Ilmjärve konkursitöö „Diferentsiaalse geeniekspressiooni erinevuste hindamine mitmete indikaatorite alusel” juhendamise eest terviseuuringutevaldkonnas (I preemia meditsiinivaldkonna doktoritööde kategoorias);
2014, FirstName_36811 LastName_36811, Infotehnoloogia Ettevõtete Liidu (ITL) Aasta tegija 2013
2013, FirstName_36811 LastName_36811, Eesti Valgetähe III klassi teenetemärk
2010, FirstName_36811 LastName_36811, Genome Biology - ajakirja aasta 2009 parima teadusartikli preemia nominent
2010, FirstName_36811 LastName_36811, Haridus- ja tedusministri tänukiri Jüri Reimandi doktoritöö (2010 aasta peapreemia doktoritööde hulgas) juhendamise eest
2008, FirstName_36811 LastName_36811, Haridus- ja teadusministri tänukiri Konstantin Tretjakovi I preemia väärilise magistritöö juhendamise eest.
2004, FirstName_36811 LastName_36811, Parima posteri auhind - ISMB-ECCB 2004, Glasgow
 
 
Teadustöö põhisuunad
VALDKOND: 4. Loodusteadused ja tehnika; 4.6. Arvutiteadused; CERCS ERIALA: P170 Arvutiteadus, arvutusmeetodid, süsteemid, juhtimine (automaatjuhtimisteooria); PÕHISUUND: Bioinformaatika, andmekaeve
 
 
Lisainfo
Ph.D., Helsingi Ülikool, 2002.

Lõppenud projektid

Juhendamisel väitekirjad

Juhendatud väitekirjad

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.3.
2014
3.1.
2014
6.7.
2014
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.3.
2013
6.6.
2013
6.7.
2013
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
3.1.
2012
3.4.
2012
6.6.
2012
6.7.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
3.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.2.
2011
6.6.
2011
6.6.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.2.
2010
3.1.
2010
3.1.
2010
3.2.
2010
3.2.
2010
3.4.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
3.1.
2009
3.1.
2009
3.2.
2009
6.3.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
5.2.
2008
6.6.
2008
6.6.
2008
1.1.
2007
3.5.
2007
3.5.
2007
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2005
1.1.
2004
1.1.
2003
1.1.
2003
3.1.
2003
6.2.
2003
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.2.
2002
2.3.
2002
1.1.
2001
1.1.
2001
1.1.
2001
1.2.
2001
3.1.
2001
1.1.
2000
3.2.
2000
1.1.
1998
5.2.
1998
3.2.
1997
3.1.
1996
3.2.
1996
3.5.
1996
3.1.
1994

FirstName_36811 LastName_36811

14.11.1966
737 5483
+372 50 49 365
http://biit.cs.ut.ee/
Professor, Bioinformatics;
BIIT group http://biit.cs.ut.ee/,
Head of the Institute of Computer Science, University of Tartu
Member of Estonian Academy of Sciences
Google Scholar profile: http://eid.ee/3qj

Career

Institution and position
01.01.2012–...    Estonian Academy of Sciences, Member (0,01)
01.09.2009–...    STACC - Software Technologies and Applications Competence Center, Strategic area leader (0,20)
01.12.2007–...    University of Tartu, Professor (Bioinformatics), Institute of Computer Science (1,00)
01.01.2006–...    Quretec Ltd, Member of Board (0,05)
2008–2008    Estonian Biocentre, Extraordinary Senior Researcher (0,20)
01.09.2005–30.11.2007    University of Tartu, Senior Researcher, Institute of Computer Science (1,00)
01.09.2004–31.08.2005    University of Tartu, Associate Professor, Institute of Computer Science (0,50)
01.01.2002–31.12.2006    Eesti Biokeskus, scientist, grant holder (0.1)
01.01.2002–31.12.2006    EGeen Inc, Director of Informatics
01.01.1999–31.12.2002    European Bioinformatics Institute EMBL-EBI,
01.01.1997–31.12.1999    University of Helsinki, Department of Computer Science, Research assistent
01.01.1993–31.12.1997    University of Helsinki, Research assistent (5-year official elected position holder)
01.01.1991–31.12.1993    University of Helsinki, Department of Computer Science teaching assistant
01.01.1990–31.12.1990    Institute of Cybernetics, Talinn, Engineer
01.01.1989–31.12.1990    University of Helsinki (teaching assistant)
 
 
Education
1991–1999    Ph.D., University of Helsinki, Computer Science, 2002
1984–1991    M.Sc., Tartu University, Applied Mathematics. 1991
1973–1984    Tallinn II Secondary School (Reaalkool)
 
 
R&D related managerial and administrative work
2014−...    Member of the council of Realia et Naturalia area of the University of Tartu
2012−...    Member of the Senate of University of Tartu
2012−...    Estonian Research Council evaluation board member
2012−...    Member of Estonian National Academy of Sciences
2011−...    Head of the Institute of Computer Science, Head of the Council
2011−...    Chairman of the board of Estonian Scientific Computing Infrastructure (ETAIS)
2008−...    Member of the board of the High Performance Computing Center, University of Tartu
2006−...    ECCB (European Conference on Computational Biology), Steering Committee Member (2006- ..
2000−...    Reviewer for several journals (Bioinformatics, NAR, BMC Systems Biology, BMC Bioinformatics, Febs J, etc)
2000−...    International Society for Computational Biology (ISCB, http://www.iscb.org/) liige
1991−...    Association for Computing Machinery (ACM, http://www.acm.org/), professional member
2014−2014    ECCB - Programme committee area co-chair (gene expression)
2011−2016    Riikliku programmi "Eesti keele tehnoloogia 2011-2017" juhtkomitee juht
2011−2013    Member of the interim board of ELIXIR, the international bioinformatics research infrastructure project. Scientific representative of Estonia.
2010−2010    European Conference on Computational Biology (ECCB-2010) - Programme committee Area Chair
2008−2011    Representative of Estonia to ELIXIR (ESFRI Infrastructure Bioinformatics project) education and science resources subcommittees
2007−2015    Member of the council of the faculty of Mathematics and Informatics
2006−2011    Head of the Steering committee of the "National Programme of the Estonian Language Technology (2006-2010)"
2005−2005    Bioinformatics 2005, Tartu, June 2005 - Programme and Organizational committee member
2005−2009    Member of the Estonian GRID board appointed by the Ministry of Research and Education
2004−2004    WABI 2004 Program committee member
2004−2010    Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB) - Program Committee member
2004−2009    European Conference on Computational Biology (ECCB) Program Committee Member

Qualifications

 
 
Honours & awards
2016, FirstName_36811 LastName_36811, Small Medal, University of Tartu
2015, FirstName_36811 LastName_36811, Minister of Science and Education: letter of thanks for successful supervision of Sten Ilmjärv PhD thesis that received the I prize in national PhD series.
2014, FirstName_36811 LastName_36811, The "Person of the Year of 2013" by Estonian Association of ICT companies
2013, FirstName_36811 LastName_36811, Estonian Order of the White Star III class
2010, FirstName_36811 LastName_36811, Genome Biology - Best Research Paper Award 2009 shortlisted nominee
2010, FirstName_36811 LastName_36811, Minister of Science and Education: letter of thanks for successful supervision of Jüri Reimands PhD that received top national prize in PhD series
2008, FirstName_36811 LastName_36811, Ministrer of Education and Science - award to Konstantin Tretjakov MSc work (I prize) supervision
2004, FirstName_36811 LastName_36811, Best poster award - ISMB/ECCB 2004, Glasgow (10 out of over 1000 posters)
 
 
Field of research
FIELD OF RESEARCH: 4. Natural Sciences and Engineering; 4.6. Computer Sciences; CERCS SPECIALTY: P170 Computer science, numerical analysis, systems, control ; SPECIALITY: Bioinformatics, systems biology, and data mining
 
 
Additional information
Doctor of Philosophy (Ph.D.)
University of Helsinki, 2002

Completed projects

Dissertations under supervision

Supervised dissertations

Publications

Category
Year
Publication
 
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.3.
2014
3.1.
2014
6.7.
2014
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.3.
2013
6.6.
2013
6.7.
2013
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
3.1.
2012
3.4.
2012
6.6.
2012
6.7.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
3.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.2.
2011
6.6.
2011
6.6.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.2.
2010
3.1.
2010
3.1.
2010
3.2.
2010
3.2.
2010
3.4.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
3.1.
2009
3.1.
2009
3.2.
2009
6.3.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
5.2.
2008
6.6.
2008
6.6.
2008
1.1.
2007
3.5.
2007
3.5.
2007
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2005
1.1.
2004
1.1.
2003
1.1.
2003
3.1.
2003
6.2.
2003
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.2.
2002
2.3.
2002
1.1.
2001
1.1.
2001
1.1.
2001
1.2.
2001
3.1.
2001
1.1.
2000
3.2.
2000
1.1.
1998
5.2.
1998
3.2.
1997
3.1.
1996
3.2.
1996
3.5.
1996
3.1.
1994
  • Leitud 65 kirjet
ProgrammNumberNimiProjekti algusProjekti lõppVastutav täitjaAsutusRahastamine kokku
MUUSMTAT07203/14. Baltiche Sommershule "Techniche Informatik/Informationtechnik" in Tartu.15.05.200831.10.2008FirstName_717055 LastName_717055Tartu Ülikool3 822,43 EUR
MUULMTAT05234ABC output calculation update (under MIS framework)08.11.200521.11.2005FirstName_715945 LastName_715945Tartu Ülikool3 408,79 EUR
1.2.3.3.AgedBrainSYSBIO (305299)Aju vananemisega seotud bioloogiliste radade süsteemibioloogia01.01.201330.06.2017FirstName_1036631 LastName_1036631OÜ Quretec463 520,00 EUR
MUULMTAT13089Alamprojektide 1.2 (Biomedical Data Integration and Mining), 2.2 (Smart Services), 2.3 (Software Development Productivity) ja 2.4 (Dynamic Methods) juhtimine ja nõustamine01.01.201330.06.2013FirstName_721475 LastName_721475Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut46 158,00 EUR
ETFETF5722Andmekaevanduse meetodid ja rakendused (DMMA)01.01.200431.12.2006FirstName_726686 LastName_726686Tartu Ülikool24 652,75 EUR
IUTIUT34-4Andmeteaduse meetodid ja rakendused (DSMA)01.01.201531.12.2020FirstName_1024317 LastName_1024317Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut349 800,00 EUR
MUUSMTAT07203Arvutiteaduse instituudi kursuste veebiserver courses.cs.ut.ee22.10.200727.12.2007FirstName_715269 LastName_715269Tartu Ülikool7 030,28 EUR
MUUSMTAT07210Arvutiteaduse tarkvaraarenduse server 222.10.200717.12.2007FirstName_715077 LastName_715077Tartu Ülikool6 263,34 EUR
MUULSHG-CT-2003-503329ATD - The Alternate Transcript Diversity Project01.03.200428.02.2007FirstName_731606 LastName_731606Eesti Biokeskus112 200,03 EUR
MUUSMTAT11170 (11-03-01-32)Auditooriumi tagasiside süsteem12.10.201130.11.2011FirstName_716107 LastName_716107Tartu Ülikool4 620,00 EUR
1.2.3.3.DETECTIVE (266838)Biomarkerite tuvastamine korduvate toksilisuse mõõtmiste jaoks in vitro süsteemides01.01.201131.12.2015FirstName_1036751 LastName_1036751OÜ Quretec145 372,80 EUR
MUUSMTAT13061T (3.2.1201.13-0019)BioMedIT01.04.201331.05.2015FirstName_721476 LastName_721476Tartu Ülikool465 876,80 EUR
MUUMMTAT07037RCOBRED - Colon and Breast Cancer Diagnostic (Projekti COBRED) andmebaasi ning andmete analüüsi meetodite ja tööriistade loomine).01.03.200728.02.2010FirstName_720596 LastName_720596Tartu Ülikool396 891,34 EUR
MUUSMTAT14089Doktorant Dmytro Fishmani osalemine Sitsiilias toimuvas suvekoolis First International Synthetic and Systems Biology Summer School (SSBSS 2014)14.06.201420.06.2014FirstName_721477 LastName_721477Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut1 279,64 EUR
MUUSMTAT12172 (12030118)Doktorantide mobiilsus: The European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML PKDD)23.09.201201.10.2012FirstName_720887 LastName_720887Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond1 448,04 EUR
MUUMMTAT15042REE-IT - Eesti Edinburghi teaduse tippkeskus - digitaalne võrgustunud majandus01.06.201531.05.2016FirstName_721478 LastName_721478Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut170 000,00 EUR
MUUSMTATEesti Arvuti- ja Süsteemiteaduse Suvekool20.05.200630.10.2006FirstName_720186 LastName_720186Tartu Ülikool4 473,82 EUR
MUUSMTAT07106/3Eesti Arvuti- ja Süsteemiteaduste suvekool ESSCaSS'2010 korraldamine.01.05.201031.10.2010FirstName_713730 LastName_713730Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut6 391,16 EUR
MUUSMTAT07184Eesti keele keeletehnoloogiline tugi "2006-2010” programmi koordineerimiseks, juhtkomitee töö korraldamiseks, programmi eesmärkide täitmise jälgimiseks17.09.200731.03.2008FirstName_713611 LastName_713611Tartu Ülikool9 586,75 EUR
MUUSMTAT12017TEesti ühinemine Euroopa Bioinformaatika infrastruktuuriga (ELIXIR)01.01.201230.09.2012FirstName_715430 LastName_715430Tartu Ülikool30 000,00 EUR
MUUSMTAT12017T/1Eesti ühinemine Euroopa Bioinformaatika infrastruktuuriga ELIXIR01.11.201231.08.2015FirstName_1040050 LastName_1040050Tartu Ülikool393 700,00 EUR
EKRMEKRM05-63Elektrooniliste sõnastike ettevalmistamine ja kasutajasõbralikud päringusüsteemid01.01.200531.12.2005FirstName_731287 LastName_731287Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond17 256,15 EUR
EKKTTEKKTT06-12Elektrooniliste teatmeteoste kasutajasõbralikud päringusüsteemid01.01.200631.12.2008FirstName_730871 LastName_730871Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond67 746,35 EUR
MUUMMTAT15103RELIXIR-EXCELERATE - Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences01.09.201531.08.2019FirstName_1040042 LastName_1040042Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut550 003,00 EUR
MUUESNATSEmbrüonaalsete tüvirakkude põhised alternatiivsed testimisstrateegiad01.04.200831.03.2013FirstName_1036583 LastName_1036583OÜ Quretec447 381,54 EUR
  • Leitud 115 kirjet
PublikatsioonKlassifikaatorFail
Sflomos, G.; Dormoy, V.; Metsalu, T.; Jeitziner, R.; Battista, L.; Scabia, V.; Raffoul, W.; Delaloye, JF.; Treboux, A.; Fiche, M.; Vilo, J.; Ayyanan, A.; Brisken, C. (2016). A Preclinical Model for ERα-Positive Breast Cancer Points to the Epithelial Microenvironment as Determinant of Luminal Phenotype and Hormone Response. Cancer Cell, 29 (3), 407−422, 10.1016/j.ccell.2016.02.002.1.1.
Reimand Jüri; Arak Tambet; Adler Priit; Kolberg Liis; Reisberg Sulev; Peterson Hedi; Vilo Jaak (2016). g:Profiler-a web server for functional interpretation of gene lists (2016 update). Nucleic Acids Research, gkw199, 10.1093/nar/gkw199.1.1.
Kolde, R; Märtens, K; Lokk, K; Laur, S; Vilo, J (2016). seqlm: an MDL based method for identifying differentially methylated regions in high density methylation array data. Bioinformatics, btw304, 10.1093/bioinformatics/btw304.1.1.
Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Limbach, Maia; Tretyakov, Konstantin; Kasela, Silva; Kisand, Kai; Saare, Mario; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Milani, Lili; Peterson, Pärt (2015). Age-related profiling of DNA methylation in CD8+ T cells reveals changes in immune response and transcriptional regulator genes. Scientific Reports, 5 (13107), 1−11, 10.1038/srep13107.1.1.
Metsalu, Tauno; Vilo, Jaak (2015). ClustVis: a web tool for visualizing clustering of multivariate data using Principal Component Analysis and heatmap. Nucleic Acids Research, 43, W566−W570, 10.1093/nar/gkv468.1.1.
Lees, JG.; Hériché, JK.; Morilla, I.; Fernández, JM.; Adler, P.; Krallinger, M.; Vilo, J.; Valencia, A.; Ellenberg, J.; Ranea, JA.; Orengo, C. (2015). FUN-L: Gene prioritization for RNAi screens. Bioinformatics, 31 (12), 2052−2053, 10.1093/bioinformatics/btv073.1.1.
Kolde, Raivo; Vilo, Jaak (2015). GOsummaries: an R Package for Visual Functional Annotation of Experimental Data. F1000Research, 4 (574), 1, 10.12688/f1000research.6925.1.1.1.
Örd, Tiit; Örd, Daima; Adler, Priit; Vilo, Jaak; Örd, Tõnis (2015). TRIB3 enhances cell viability during glucose deprivation in HEK293-derived cells by upregulating IGFBP2, a novel nutrient deficiency survival factor. Biochimica et Biophysica Acta-Molecular Cell Research, 1853 (10), 2492−2505, 10.1016/j.bbamcr.2015.06.006.1.1.
Örd, Tiit; Örd, Daima; Adler, Priit; Biene, Tuuliki; Vilo, Jaak; Örd, Tõnis (2015). The role of Tribbles homolog 3 (TRIB3) in the cellular stress response to glucose starvation. In: .5.2.
Lokk, Kaie; Modhukur, Vijayachitra; Rajashekar, Balaji; Märtens, Kaspar; Mägi, Reedik; Kolde, Raivo; Koltšina, Marina; Nilsson, Torbjörn K.; Vilo, Jaak; Salumets, Andres; Tõnisson, Neeme (2014). DNA methylome profiling of human tissues identifies global and tissue-specific methylation patterns. Genome Biology, 15 (4), R54, 10.1186/gb-2014-15-4-r54.1.1.
Ilmjärv, Sten; Hundahl, Christian Ansgar; Reimets, Riin; Niitsoo, Margus; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Vasar, Eero; Luuk, Hendrik (2014). Estimating differential expression from multiple indicators. Nucleic Acids Research, 42 (8), e72, 10.1093/nar/gku158.1.1.
Hériché, JK. ; Lees, JG. ; Morilla, I.; Walter, T. ; Petrova, B.; Julia Roberti, M.; Hossain, MJ.; Adler, P.; Fernández, JM.; Krallinger, M.; Haering, CH.; Vilo, J.; Valencia, A.; Ranea, JA. ; Orengo, C.; Ellenberg, J (2014). Integration of biological data by kernels on graph nodes allows prediction of new genes involved in mitotic chromosome condensation. Molecular Biology of the Cell, 25 (16), 2522−2536, 10.1091/mbc.E13-04-0221.1.1.
Metsalu, Tauno; Viltrop, Triin; Tiirats, Airi; Rajashekar, Balaji; Reimann, Ene; Kõks, Sulev; Rull, Kristiina; Milani, Lili; Acharya, Ganesh; Basnet, Purusotam; Vilo, Jaak; Mägi, Reedik; Metspalu, Andres; Peters, Maire; Haller-Kikkatalo, Kadri; Salumets, Andres (2014). Using RNA sequencing for identifying gene imprinting and random monoallelic expression in human placenta. Epigenetics, 9 (10), 1397−1409, 10.4161/15592294.2014.970052.1.1.
Vilo, Jaak (2014). Nutikas jätkusuutlik Eesti. Riigikogu Toimetised, 29, 40−47.1.3.
Võsa, Urmo; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Tarmo, Annilo (2014). Comprehensive meta-analysis of microRNA expression using a robust rank aggregation approach. In: M. Lucrecia Alvarez, MS, PhD (Ed.). Structural and functional RNA mapping (361−373). Springer. (Methods in Molecular Biology; 1182).3.1.
Vilo, Jaak (2014). Teadus – väike, kuid oluline arengumootor. Arengufondi mõtteraamat.6.7.
Kamm, Liina; Bogdanov, Dan; Laur, Sven; Vilo, Jaak (2013). A new way to protect privacy in large-scale genome-wide association studies. Bioinformatics, 29 (7), 886−893.1.1.
Tretyakov, Konstantin; Laur, Sven; Smant, Geert; Vilo, Jaak; Prins, Pjotr (2013). Fast probabilistic file fingerprinting for big data. BMC Genomics, 14 (2), S8, 10.1186/1471-2164-14-S2-S8.1.1.
Krug, AK; Kolde, R; Gaspar, JA; Rempel, E; Balmer, NV; Meganathan, K; Vojnits, K; Baquié, M; Waldmann, T; Ensenat-Waser, R; Jagtap, S; Evans, RM; Julien, S; Peterson, H; Zagoura, D; Kadereit, S; Gerhard, D; Sotiriadou, I; Heke, M; Natarajan, K ... Sachinidis, A (2013). Human embryonic stem cell-derived test systems for developmental neurotoxicity: a transcriptomics approach. Archives of Toxicology, 87 (1), 123−143, 10.1007/s00204-012-0967-3.1.1.
Peterson, Hedi; Abu Dawud, Raed; Garg, Abishek; Wang, Ying; Vilo, Jaak; Xenarios, Ioannis; Adjaye, James (2013). Qualitative modeling identifies IL-11 as a novel regulator in maintaining self-renewal in human pluripotent stem cells. Frontiers in Physiology, 4 (303), 303.1.1.
Reisberg, S; Sirel, R; Kalda, R; Merzin, M; Pruulmann, J; Vilo, J (2013). Elektrooniliste terviselugude analüüsimise võimalused Tartu perearstide infosüsteemi näitel. Eesti Arst, 92 (8), 452−459.1.3.
Vilo, Jaak (2013). Jaak Vilo: tasuta ei võrdu odav. Postimees, ..6.6.
Tiit, Ene-Margit; Engelbrecht, Jüri; Eamets, Raul; Vilo, Jaak; Bahovski, Erkki; Aaviksoo, Ain (2013). Ekspertarvamused eestlaste rändest. Käpp, Triin (_EditorsAbbr). Eesti ustest - sisse, välja : kõned, artiklid, esseed (101−118). Tartu: Eesti Keele Sihtasutus.6.7.
Adler, Priit; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak (2013). Prioritization of protein-protein interactions associated with Alzheimer’s disease using data mining. <i>Info- ja kommunikatsioonitehnoloogia doktorikooli IKTDK VII aastakonverentsi artiklite kogumik: Info- ja kommunikatsioonitehnoloogia doktorikooli VII aastakonverents 15.-16.11.2013.</i> 3.5.
Võsa, U; Vooder, T; Kolde, R; Vilo, J; Metspalu, A; Annilo, T (2012). Meta-analysis of microRNA expression in lung cancer. International Journal of Cancer, 132 (12), 2884−2893, 10.1002/ijc.27981.1.1.
  • Leitud 35 kirjet
PealkiriJuhendatavKraadJuhendajaKaitsmise staatusKaitsmise aastaAsutus
Analysis and visualisation of large scale microarray data - doktorikraadFirstName_689825 LastName_689825; FirstName_689825 LastName_689825Kaitstud2015Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
Annotation Driven Hierarchical Clustering Analysis - magistrikraad (teaduskraad)FirstName_689819 LastName_689819Kaitstud2007Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond
Automatic Prediction of Source Code Contribution Type - magistrikraad (teaduskraad)FirstName_689818 LastName_689818; FirstName_689818 LastName_689818Kaitstud2007Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Bioinformatics data integration - doktorikraadFirstName_667037 LastName_667037; FirstName_667037 LastName_667037JuhendamiselTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Bioinformatics Models for Disease Risk Assessment - doktorikraadFirstName_689829 LastName_689829JuhendamiselTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Biomedical Text Mining - doktorikraadFirstName_670587 LastName_670587JuhendamiselTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond
Co-expression queries across multiple experiments - magistrikraad (teaduskraad)FirstName_689817 LastName_689817; FirstName_689817 LastName_689817; FirstName_689817 LastName_689817Kaitstud2008Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond
Discovery, Modelling and Simulation of Stem Cell Regulatory Networks in Silico - doktorikraadFirstName_689827 LastName_689827JuhendamiselTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Eestikeelsete terviselugude andmekaeve - doktorikraadFirstName_681087 LastName_681087; FirstName_681087 LastName_681087JuhendamiselTartu Ülikool
Electronic health data for personalized medicineLastName_673625, FirstName_673625doktorikraadFirstName_673625 LastName_673625JuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut
Enabling Personalized Medicine through Law: Possibilities, Obstacles, and RisksLastName_694681, FirstName_694681doktorikraadFirstName_694681 LastName_694681; FirstName_694681 LastName_694681; FirstName_694681 LastName_694681; Barbara J. Evans (University of Houston, TX)JuhendamiselTartu Ülikool
Estimating differential expression from multiple indicators - doktorikraadFirstName_638350 LastName_638350; FirstName_638350 LastName_638350; FirstName_638350 LastName_638350Kaitstud2015Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Bio- ja siirdemeditsiini instituut
Exploiting high-throughput data for establishing relationships between genes - doktorikraadFirstName_678917 LastName_678917; FirstName_678917 LastName_678917Kaitstud2015Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
Functional Analysis of Gene Lists, Networks and Regulatory Systems - doktorikraadFirstName_651701 LastName_651701Kaitstud2010Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond
G=MAT: Linking Transcription Factor Expression with DNA Binding - magistrikraad (teaduskraad)FirstName_689816 LastName_689816; FirstName_689816 LastName_689816Kaitstud2008Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond
Gene Ontology mining tool GOSt - magistrikraad (teaduskraad)FirstName_689821 LastName_689821Kaitstud2006Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Globaalne geeniekspressioonianalüüs üle mitme ekspressiooniandmestiku - magistrikraad (teaduskraad)FirstName_689820 LastName_689820Kaitstud2007Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Haplotype inference using overlapping segments - magistrikraad (teaduskraad)FirstName_689822 LastName_689822; FirstName_689822 LastName_689822Kaitstud2006Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Integration methods for multi-omic dataLastName_674273, FirstName_674273doktorikraadFirstName_674273 LastName_674273; FirstName_674273 LastName_674273JuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut
Kiire klasterdamine meetrilistes ruumides - magistrikraad (teaduskraad)FirstName_689823 LastName_689823Kaitstud2004Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Klasterduspõhine motiiviotsing lühikestel peptiididelLastName_689813, FirstName_689813magistrikraadFirstName_689813 LastName_689813; FirstName_689813 LastName_689813Kaitstud2015Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Large-scale gene expression data analysisLastName_689831, FirstName_689831doktorikraadFirstName_689831 LastName_689831JuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut
Machine learning methods in Bioinformatics - doktorikraadFirstName_689828 LastName_689828; FirstName_689828 LastName_689828JuhendamiselTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond
Management and analysis of massive full-scale genome data.LastName_677676, FirstName_677676doktorikraadFirstName_677676 LastName_677676; FirstName_677676 LastName_677676; FirstName_677676 LastName_677676JuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut
Methods for re-using public gene expression data - doktorikraadFirstName_689814 LastName_689814Kaitstud2014Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
  • Leitud 3 kirjet
TüüpPrioriteedi numberPrioriteedi kuupäevPrioriteedi klassifikaatorPealkiriAutoridFailAsutused
Patentne leiutisUS 14/079,62613.11.2013Rahvusvaheline (IPC)Peptiidide profileerimine ja humoraalse immuunsuse monitooringFirstName_702904 LastName_702904; FirstName_702904 LastName_702904; FirstName_702904 LastName_702904; FirstName_702904 LastName_702904; FirstName_702904 LastName_702904; FirstName_702904 LastName_702904; FirstName_702904 LastName_702904; Mari-Liis Krupp; FirstName_702904 LastName_702904; FirstName_702904 LastName_702904; FirstName_702904 LastName_702904; FirstName_702904 LastName_702904; Gerli Viikmaa; FirstName_702904 LastName_702904Protobios OÜ
Patentne leiutis24.10.2011USA (USPC)Processing Search Queries in a Network of Interconnected NodesFirstName_702902 LastName_702902; FirstName_702902 LastName_702902; FirstName_702902 LastName_702902; FirstName_702902 LastName_702902; FirstName_702902 LastName_702902Skype Technologies OÜ
Patentne leiutis24.10.2011USA (USPC)Processing Search Queries Using a Data StructureFirstName_702903 LastName_702903; FirstName_702903 LastName_702903; FirstName_702903 LastName_702903; FirstName_702903 LastName_702903; FirstName_702903 LastName_702903Skype Technologies OÜ
  • Leitud 2 kirjet
PealkiriValdkondKontaktisikAsutus
Andmekaeve, masinõpe, algoritmid4. Loodusteadused ja tehnikaFirstName_1166578 LastName_1166578Tartu Ülikool
Statistiliste uuringute IT lahendused ja uuringute andmebaasidFirstName_1166579 LastName_1166579Tartu Ülikool